《金田一少年事件簿R第二季》讲述名侦探金田一耕助的孙子金田一一和青梅竹马的好友七濑美雪等人解决一个个疑案的故事。金田一少年事件簿R改编自天树征丸原作，漫画家佐藤文也作画的著名长篇推理漫画「金田一少年事件簿」。
该片改编自沙村广明所著同名漫画，讲述了拥有不死之身的独眼剑客万次与双亲被剑客组织“逸刀流”杀死的少女凛相遇，为她担任保镖并帮助她复仇的故事 。 传说中恐怖的百人斩剑客万次，他因为失去妹妹而找不到生存的意义，且被神秘的老太太强行给予了“永恒生命”，即使伤痕累累，也可以重生，拥有着想死也不死不掉的“不死之身”。漫长的时光里，他的剑术也日渐迟钝，生命对于他而言，不过是永恒而孤独的生存。有一天，发誓替被杀死的双亲复仇的少女凛求助于万次。看着与妹妹相似的凛，万次决定保护凛，并且帮助她报仇。“不死之身”的万次被迫展开一场殊死决斗
转学到南葛小学的大空翼是一个热爱足球的少年，他在此结识了石崎、大姐头等一好友，还邂逅了最初的对手修哲小学的若林源三。热爱足球的孩子们齐聚求日本少年足球大赛，大空翼、若林、三杉淳、立花兄弟、若岛津健、日向小次郎等极具天赋的足球少年相继崭露头角，从小学到中学，这群孩子在球场上不断比拼磨练，相互赶超，渐渐成为了日本足球新生代的骨干。他们参加世青赛，远征欧罗巴，与当今世界上各路强者对决，跟昂首阔步迈近了世界杯的赛场…… 本片根据高桥阳一同名漫画改编，囊括“小学生篇”、“中学生篇”、“ジュニアユース篇”、“Road to 2002”等4个部分，共52话。
故事的主人公，大山武进入了原本是女校的「天日学园」，在这间女性的花园的学校里，等著大山武的是可靠的青梅竹马兼学生会副会长的女主角天谷春恋、高傲的大小姐姫神木灵及非常可爱的未婚妻栉八稻穗。在天日学园中，除了有其他常规学校的课程外，学生还要学习使用及掌握「元素」，而当中有一部份学生更能够使用拥有不可思议力量的「魔具」……
从行星波利斯逃脱等待重返地球的空间盘龙号，自称“雷奥尼克斯猎人”的神秘男子侵入其中。同时，其他的宇宙人们也正暗中开始行动，ZAP SPACY的船员们被捲入了这场争斗的漩涡中。就像凯特的遗言一样，崭新的雷奥尼克斯格斗已经开始了！？
忍びの里から抜け出したくノ一さとこは、 街で行き倒れていたところを通りすがりの女子高生このはに救われる。 だがそれも束の間、さとこは里からの追手に見つかってしまう。 しかしそんな追手をあっさりと返り討ちにするこのは。 …なんと彼女の正体は殺し屋だったのだ！ 世間知らずのくノ一と殺し屋女子高生の危ない共同生活がスタート！
