1999年に放映され、ダイナミックな３DCGアクションで話題を集めた「ゾイド」の第２期シリーズ。今作は格闘技をテーマにして内容を一新、“ゾイドバトル”の頂点を目指す少年の熱い闘いを描く。前作のはるか未来、惑星Ziでは巨大機械生命体ゾイドを操る戦闘競技ゾイドバトルが流行していた。少年ビットもその参加者だ。彼の夢は、いつかゾイドバトルの頂点に立つこと。強力なライバルたちと激しい闘いを繰り広げるビットだったが、やがて悪の組織の陰謀が明らかに…。
佐佐木雪成（能登麻美子 配音）因为他女性化的外表和柔弱的个性常常遭到班上女生们的欺负，导致他患上了女生恐惧症，一旦有女生接触他，他的身上便会长出荨麻疹。一天，雪成回到家中，打开浴室的门，里面竟然站着他的邻居桐绘（斋藤千和 配音），两人在拉扯之间，桐绘将雪成推到了浴缸中，哪知道雪成就此穿越到了异世界中。 在这个世界里，男性属于非常稀缺的资源，因此格外受到女性青睐，与此同时，雪成对这个世界的女性并不会发生过敏反应。活泼开朗对一切都充满了好奇心的米哈露（川澄绫子 配音）、患有男性恐惧症的可悠蜜（仓田雅世 配音）、娇小可爱的朵茉卡（斋藤彩夏 配音），这些女性都向雪成展开了行动。
頂級教室爭奪戰即將開打，召喚獸現身吧！ 「我不要這種教室啦！」──笨蛋明久的喊叫聲響遍校園。這裡就是以嚴格分班制度聞名的文月學園。在A段班教室，有完善的冷暖空調及可調式座椅供優秀的精英們使用；而明久所分配到的放牛班教室裡，只有破舊飯桌跟爛掉的榻榻米。為了心儀已久的元氣少女瑞希，明久慫恿班長雄二展開一場激烈的組別戰爭。一場使用學園開發的試驗召喚獸，爭奪頂級教室使用權的危險賭注就要開始啦！
在科技发达的未来，网络上流传着一种真假不明、被称为“全息幽灵”的奇怪现象。 初中一年级的天之河宙，启动了父亲留下的“数码暴龙机”开始能看到大家看不见的未知生物“数码宝贝”......
