超元气三姐妹增量中！

　　故事发生在虚构的未来世界，彼时，人类因为疏忽和大意而失去了制海权，海洋，成为了人们可望而不可即的所在，盘踞在那里的，是一股名为“深海栖舰”的强大势力。为了同这股势力抗争，一群名为“舰娘”的女孩子们出现了，在她们的体内，栖息着舰艇之魂，亦是明日呢化身成为各式各样的战舰，为了人类的和平做着不懈的努力。
　　平日里，舰娘们在名为“镇守府”的大本营里进行日常生活和训练，某日，一位名叫吹雪（上坂堇 配音）的活泼女孩出现在了大家的面前，初来乍到的她踌躇满志，热情满满地加入了舰队的新生活中去，在这里，充满了精彩和刺激的日常就此展开。

工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！

　　又是一个平静的日子，内裤爱好者八宝斋（永井一郎 饰）四面出击，惹得乱马（山口勝平 饰）、小茜、良牙（山寺宏一 饰）、珊璞（佐久間レイ 饰）等人纷纷加入进来，在镇上惹出巨大的骚动。正当众人闹得不可开交之时，一头裹挟着黑色杀气的大象突然袭来。它和美丽的主人向八宝斋发起攻击。与此同时，天空阴云密布，一艘巨船出现在空中。他们是来自中国内地寝昆仑的七福道神，这群神秘之人不仅抢走骑象少女带来的奥义经卷，还虏走了小茜。乱马一众不堪就范，决定启程前往中国……
　　本片根据高桥留美子的漫画《乱马1/2》改编，系该动画的剧场版第一部。