Muv-Luv ATE全名为《Muv-Luv Alternative Total eclipse 》，全集动画片改编自《Muv-Luv Alternative》的外传小说。故事的时间设定在西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，正面临灭亡的危机，因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”，各个国家均派遣了专门人员参与其中，该作讲述的就是这些被派遣过来的人员之间的故事。 （有虫子吃掉妹纸情节,反差极大,请谨慎观看.）
人类没有了咏唱，就不能使用魔术。 但是，有一个少女，把不可能变成了可能。 利迪尔王国魔术师的巅峰七贤人之一“沉默的魔女”莫妮卡·埃瓦雷特。 是史上第一个创造出无咏唱魔术的年轻天才。 但是…因为极度怕生而怯场的她，和使魔黑猫躲在深山里， 被公式书包围着，静静地埋头于魔术的研究。 在这样的情况下，七贤人的同事“结界的魔术师”路易斯·米莱来访。 路易斯对不知所措的她宣告了一条王命。 那就是——潜入贵族聚集的名校，护卫第二王子的绝密任务……。
想要过普通生活的中学2年生·影山茂夫，通称“龙套”。有着一瞬间就会混杂在人群中的不起眼外表的他，实际上拥有比任何人都要强力的超能力……这样的龙套与周围人们之间的青春与恋爱，静静地累积直至爆发的种种感情。以及，曾经阻挡在龙套面前的神秘组织“爪”的再临。正处青春期的少年的灵魂在咆哮，他的明天究竟会走向何方！？
“坂本耕作”因母亲去世而变成了孤独一人，只好听从母亲的遗言，投靠母亲生前的老朋友－大空家。但大空家的主人大空自豪，偏偏刚好是“关东无恶不作联盟。关东大空组”的组长。在耕作感到人身安全堪虑，而打算逃跑之际，一位美少女突然出现在耕作面前，于是一见钟情的耕作，便决定继续留在大空家生活，不过好戏才正要登场....
耕作最初见到的美少女，其实是身为男人的大空家长子—云雀。燕子、闭与和麻雀三姊妹，才是大空家里真正的美人。云雀在学校扮女人的秘密，整个家族内没有人不知道，但云雀不但表现出喜欢耕作的样子，还积极地展开了追求行动。耕作和云雀引起的骚动，每天不断地持续上演着，让人连休息的闲暇都没有....
ひょんなことから始まった禁断の入浴体験！ 仲良し姉妹と幼馴染のお兄ちゃん、 男女3人バスタブに肩まで浸かったら 思わず溢れ出したのは…姉妹の秘めたる恋心!? オーバーだなんて言わせない、 等身大の青春ラブコメディー！
文月学园采用根据科学、偶然性和神秘学所开发的“测验召唤系统”，让感叹学历低落的学生之间掀起了一股新的风潮。在这所依照分班考试成绩严格实行分班的学园里，男主角吉井明久自信满满地等待着测验结果，结果却被分到最差的班级F班！同时，考试坐在明久身边的姬路瑞希因病患发作，优异的成绩作废，同样被分到F班。明久为了改善瑞希的学习环境，只能尽用班级之间的测验召唤战争提升设备。
