為了與犯罪組織古萊姆（クライム）對抗,國際科學特搜隊的鯨井大助決定組織一隊改造人部隊，最後他找到接受手術的四人，分別是：櫻井五郎、東竜、嘉琳·水木（カレン水木）及大地文太。四人背負著改造人失去肉體的痛苦，與古萊姆周旋。 後來因古萊姆引入了侵略機械人，把目標由犯罪轉變成征服地球。因此皇牌突擊隊亦加入了行動隊長Big 1（ビッグワン），令戰況更加白熱化。
成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。
本作の舞台は、5月4日に放送がスタートするテレビアニメ7期と同じく、ヒーローと敵＜ヴィラン＞の戦いによって荒廃し、敵＜ヴィラン＞収容施設から脱獄した者・ダツゴクが蔓延る社会。デクたちヒーローと敵＜ヴィラン＞の最終決戦の直前、世界を揺るがす大きな事件が巻き起こる。
这个世界是存在异人的。刚刚接触异人世界的张楚岚，加入了管理异人的组织“哪都通”。为了解开爷爷和自身的秘密，张楚岚和冯宝宝一起前往龙虎山天师府参加异人界的盛会——罗天大醮，并与众多异人高手对战。
时为战国。醍醐之国主景光，在某所寺院的大堂中，向12尊鬼神像许愿领土繁荣。作为交换而诞生的景光之后嗣，身体各处都有所欠缺，被视作不祥之子而抛弃到河川之中。时光流逝，鬼神实现了与景光的约定，国家迎来了平安。这样的某天，名为“多罗罗”的年幼盗贼，与某个男人相遇。 那是鬼，还是人——两臂装有刀剑，全身皆为人造的男人“百鬼丸”，其无光之瞳紧紧盯着袭来的妖魔。
ある日、“魔王因子”を持つ魔王候補・春日アラタが、トリニティセブンの一人・浅見リリスの魔道書『ヘルメス外典』に何の気なしに触れた瞬間、眩い光に包まれ、目の前には謎の少女が姿をあらわす。「リリム」と名付けられ、アラタとリリスを親と慕う少女。だが、少女の出現と同時に、世界に異変が―。目覚める禁忌の“悠久図書館”。そこには、錬金術の究極の産物―人の手によって造られし”白き魔王“が封じられていた。“白き魔王”は、真の魔王へ至るため、アラタとトリニティセブンたちの抹殺を企てる。かつてない強大な力を持つ”白き魔王“を前に、世界の崩壊と、絶体絶命の危機がアラタたちを襲う―。アラタとトリニティセブンたちは、この世界を守れるのか？彼らの最後の戦いが今、始まる——！
整天脑中都只想着女孩子的横寺阳人，被田径社社长钢铁之王指定为下任社长。阳人加入社团，纯粹是为了偷看游泳社的泳装，因此认为自己不适合担任社长，却又说不出真心话，一直没办法拒绝。 某天，小学以来的死党朋太告诉阳人，自从向不笑猫像许愿后，自己满脑子的桃色烦恼便消失无踪。阳人向他仔细询问后得知，只要把供品献给不笑猫像，就能够把自己不需要的东西，转送给需要的人。 阳人在半信半疑下，抱着死马当活马医的心态，前往猫像所在的一本杉丘陵，打算把自己的“表面工夫”丢掉。到达目的地时，碰见了名为筒隐月子的少女。两人一聊才发现，原来月子也是要向猫像许愿，把自己的“真心话”送出去。两人一同许愿后，阳人用来绑供品的皮带和月子供奉的肉包突然消失不见，同时阳人的表面工夫与月子的真心话也就此消失。 阳人失去表面工夫后，常不自觉的把自己内心的想法说出来，使得全校师生都认为他是变态而避着他，还被取了变态王子这个绰号。失去真心话的月子，则再也无法表现任何情绪。阳人和月子联手，为了取回彼此失去的能力而四处奔走。这部爽朗变态×冷淡少女的青春困惑爱情喜剧就这样正式拉开帷幕。
