第二季的故事是发生在第一季的故事结束后三年，爱良等人从Pretty Top演艺学校结业并学有所成，之后有了全新生力军的加入，包含了玲奈、果铃、彩海三人组成的团队“三棱镜伴侣（Prism Mates、プリズムメイツ）”，与后来加入的美爱，演变成四人明星团体“Prizmmy☆”并走上成名之路；后来有来自韩国的五位女性留学生加入了Pretty Top演艺学院，并与Prizmmy☆四人连袂演出。
将元号改名为“平成”之后的20余年，进入21世纪初期的日本。将日本从闭关锁国状态中解救出来的德川幕府仍然维持着统治，庆康第25代就任将军之位。 故事的舞台是座落在富士山麓的大型教育机构武应学园私塾。在这间学校，学生会执行部将反对德川家的人判定叛乱份子强行进行镇压并把这种行动称之为“丰臣狩猎”。面对他们的粗暴举动，越来越多的人感到不满。 故事的主人公是父亲失踪后，在柳生道场暂代师傅职位的在校生柳生宗朗。他对学生会进行的“丰臣狩猎”行动抱有疑问而主动和执行部保持了距离。然而有一天，柳生宗朗突然收到学生会的命令，要求他明天立刻交出道场。当天晚上，柳生宗朗和平日一样在道场进行修炼，突然间从屋顶上掉下来一名手持兵刃的美少女。之后，这名自称柳生十兵卫三严的美少女用华丽的剑术击退了突然来袭的风纪委员长服部忍群，从这之后，就不断有继承了历史名将名称的美少女出现在柳生宗朗面前。
平凡的大学生·野本裕也，与神秘少女·瞳相遇了。 在没有人烟的废弃场，野本目击到了她变成野兽的模样， 与狮子怪物展开死战的一幕。 他们的真实身份，是同时拥有人类的头脑与野兽的獠牙的“兽斗士”。 并且，瞳是隐藏着最强斗争本能的兽斗士“蜜獾”。 兽斗士们被自古以来支配日本经济的四大财阀三门、八菱、角供、石田所雇佣， 并作为其代理人展开决斗，争夺霸权。之后，野本通过再次与瞳相遇， 被卷入了这些兽斗士们的炽烈战斗“牙斗”当中——。
某天，有個名叫佐藤洋的貧窮高中生走進超市，看到了半價出售的便當， 就在他伸手準備拿取之際，卻頓時被有如風暴般的「某種東西」一撞，回過神就發現自己已經倒在地上了。 原來這裡是為了爭奪半價便當而展開熾熱混戰的戰場！佐藤受到此種超乎想像的戰爭深深吸引， 因此試著與同在超市的同學‧白粉花聯手奪取半價便當，卻被突然現身的美女「寒冰魔女」打得體無完膚， 接著，那位女性對佐藤說出了……
时为近未来，人类的心理状态和性格倾向都变得可测定且数值化。人们把这一测定值俗称为“PSYCHO-PASS”，并以此数值为指标积极地迈向“好的人生”。而犯罪也是通过数值来处理。厚生省公安局的刑警们由拥有高犯罪系数、为犯罪者心理所迫的猎犬“执行官”和拥有冷静的判断力、指挥执行官的精英人物“监视官”组成队伍，以由总括生涯福祉支援系统“西比拉系统”所解析的与犯罪相关的数值“犯罪系数”为依据，守护着都市的治安。他们追捕那些数值超过规定值的、有犯罪危险性的犯罪者“潜在犯”，并利用可以瞬时测定“犯罪系数”的断罪之枪“Dominator”将其处决。监视官常守朱经历了无法正确解析“犯罪系数”的“免罪体质者”槙岛圣护的事件，作为一名刑警逐渐成长，并得知了西比拉系统的真相。她依然信守人性与法律秩序，遵从系统的指示，率领新生的刑事课一系，每天与犯罪者对抗着。然而，足以动摇系统的怪物正在他们面前悄悄潜伏着，而他们却对此一无所知——
