唐僧师徒四人取经归来，返回大唐，不料途中遇到不明来路的强大敌人盗取经书，孙悟空在与敌人大战时失去了活子，险些丧命，师徒四人下落不明。21世纪，普通高中生付贺意外从高空坠落，被孙悟空灵魂附体，一具废柴身体里装进了两个截然不同的灵魂，生命受到威胁的悟空将如何在这个世界生存下去，经书去了哪里，被孙悟空附体的废柴付贺，他的生活将会发生什么变化……
本季延续《西行纪》前一季剧情，讲述了唐三藏与师徒四人取得奇经交予天宫的十六年后，为了心中正义，再次集结成“西行小队”，重新踏上“还经”之路的故事。
基因石被毁，不料基因石能量逸出，飘散到地球各处，引发了异常现象，故事从变形机甲、机甲兽和变异战士三方之间的斗争展开。
为从美杜莎女王手中夺取异火，萧炎在药老陪同下前往蛇人族居住的塔戈尔沙漠。却因口渴误闯绿洲，引来蛇人族高手月媚追杀。没有药老逆天协助的萧炎，眼看要被月媚杀死，生死存亡之际，幸得一位蒙面斗皇相救。不料蒙面斗皇一行人也为异火而来。美杜莎女王拒绝古河交换异火的条件，蒙面斗皇戳穿女王此刻是能量体，而真正的女王在某处准备吞噬异火，进化为斗宗。蛇人族攻击冒犯女王的古河等人，萧炎也在混战中感知到异火行踪，潜入女王所在的地心岛……
在绿草甜美、宁静安和的青青草原，生活着一群无忧无虑的小白羊。聪明伶俐的喜羊羊（祖丽晴 配音）、美丽可爱的美羊羊（邓玉婷 配音）、懒惰贪吃的懒羊羊（梁颖 配音）、莽撞正义的沸羊羊（刘红韵 配音）、忠厚安静的暖羊羊（邓玉婷 配音），这群小家伙每天聚在一起，过着快乐的生活。而在森林另一端的黑色古堡里，住着邪恶狡猾的灰太狼（张琳 配音）和他暴戾无常的老婆红太狼（赵娜 配音）。灰太狼每天都要在老婆平底锅的敲打下前往羊村抓羊羊，羊村戒备森严，因此他想处种种办法，更发明许多奇形怪状的工具，然而最终总被机敏的小羊们挫败。 小羊和灰狼的战争就这样每天在青青草原上上演……
传说每当黑渊现世，就会有一场天道大劫毁灭诸天万界，重启宇宙。少年林飞因筋脉缺陷无法修行，靠着小聪明在问剑宗混吃等死，直到大劫来临，恩师与挚友战死在黑渊才为虚度光阴而追悔莫及。他历经险阻另辟蹊径，习得上古炼器法为师门报仇，与魔头渊皇同归于尽。岂料因为神秘力量的干涉，他又在重启的新纪元中重生。为守护从大劫中被神秘人传承下来的问剑宗，为了相同的惨剧不再上演，林飞决心从一名边缘弟子做起，修万剑之道，集群英之力，破天道大劫，续文明火种。
