故事时间为战国时代，世上具有各种魑魅魍魉、异形妖怪等等总称为「暗」的存在。喜欢人类的暗·妖狐小玉，以及厌恶人类的仙道·迅火，姊弟两人进行著扫荡罪恶的救世活动。另外还有一群专门对付暗的僧侣·断怪众，他们以不人道的方式进行人体改造，迅火等人与他们产生激烈冲突！人类当中也有坏人，非人类的存在也不见得都是邪恶的，迅火因过去的事而极其讨厌人类，但在旅程当中，也逐渐目睹到人类善良的一面，他是否能有所转变呢……
家里由于一场火灾，再加上不负责任的爸爸，使得年仅12岁的南云孝士在一夜之间就变得无家可归、身无分文且无依无靠。饿倒在路边的他，由于一场因缘际会而当上宿舍管理员，然而这间宿舍的房客竟都是女子大学的学生！而且这间宿舍的房客，全都是些异于常人，而且别有隐情的大姐姐！少年宿舍管 理员有点色色的奋斗记，就此开幕。
在一个 6 岁时可以从各种动物神明处获得庇佑的奇幻世界中，性格极其内向、胆小的伯爵令嬢索菲亚·里拉意外得到了最强战斗系神明——“猩猩神”的祝福。她一心只想过平静的学园生活，却因这稀有的强大力量，吸引了王立骑士团的注意，甚至被破格招募为见习骑士。尽管索菲亚努力隐藏自己压倒性的力量，但她的天赋与实力却屡屡引起关注，而骑士团中优秀的年轻骑士们则对她格外关心与温柔守护。在这样一个奇妙的环境中，一场围绕“猩猩神力量”的超展开与意想不到的心动恋爱喜剧拉开了帷幕！
在蝴蝶屋结束修业之后，炭治郎等人抵达了下一任务的地方“无限列车”。在那里，短时间内有四十多人失踪。带着祢豆子的炭治郎与善逸、伊之助一行人，与鬼杀队的最强剑士“柱”之一的炎柱炼狱杏寿郎会合了。在通向黑暗的无限列车中，他们将面对潜伏在此的鬼。
