在人与动物和谐共处的街道“动物镇（アニマルタウン）”，最喜欢动物的彩羽（いろは）和她的宠物狗小麦（こむぎ）是要好的朋友！ 某天，谜之生物焦躁怪（ガルガル）在街上大暴走！但是，小麦为了保护彩羽变成了人的模样，变身成了Precure...！？ 必须要帮助内心焦躁的孩子！齐心协力将动物们送回微笑花园（ニコガーデン）吧！ 没关系，让我听听你的声音吧！
忍びの里から抜け出したくノ一さとこは、 街で行き倒れていたところを通りすがりの女子高生このはに救われる。 だがそれも束の間、さとこは里からの追手に見つかってしまう。 しかしそんな追手をあっさりと返り討ちにするこのは。 …なんと彼女の正体は殺し屋だったのだ！ 世間知らずのくノ一と殺し屋女子高生の危ない共同生活がスタート！
本作主人公冈部伦太郎（宫野真守 配音）是个患有严重中二病的大学生，自称为“凤凰院凶真”的他和伙伴们组成了“未来发明研究所”，在位于秋叶原的一个简陋实验室内进行各种古怪发明和调查。 2010年7月28日这天，冈部和青梅竹马真由理（花泽香菜 配音）一同去了科学讲义会场，在那里，他们遇见了天才少女牧濑红莉栖（今井麻美 配音）。让人意想不到的事情发生了，冈部在会馆楼道内听到一声惨叫，他闻声而至，发现了倒在血泊中的牧濑。冈部用手机短信将这件事告诉好友桥田至，这个举动，让世界都颠覆了。实验室里那个所谓的“未来道具”，竟然真的可以左右世界的进程，冈部自此成了孤独的观测者。 这一切都是命运石之门的选择。
为了应对吉亚迪所开发出的完全独立无人战斗兵器“军团”的入侵，其邻国圣格诺利亚共和国开发了无人战斗兵器毁灭之力。但是，无人战斗机只是空有名号，实际是没有被认可为”人“的人们——86——驾驶，被当作道具来使用。 由”86“所组成的部队“先锋战队”的队长少年・辛艾，在只能等待着死亡的令人绝望的战场上为了某个目的而战斗着。在那里，共和国军队的精英・蕾娜就任了新任指挥管制官。她小时候有着被86所救助过的经历，因此想把被作为“人形猪”而遭到轻视的他们作为正常人类来对待。 只不过是为了战斗而被作为道具使用的少年以及被寄予了未来期望的精英才女，本不应当有所交集的两人，在激烈的战斗中看到了未来——
