主角秦尘本是武域中最顶尖的天才强者，却遭歹人暗算，陨落大陆禁地死亡峡谷。必死无疑的秦尘，却意外触发神秘古剑的力量……三百年后，天武大陆偏僻之地，一位同名少年意外继承了秦尘的意志。作为大齐国军神定武王的爱孙，却因生父来历成迷，母子二人在定武王府中受尽冷遇，相依为命。为了重写望日的强者神话，也为了守护自己所爱的一切，秦尘毅然决然扛起维护天下五国的大任，再度踏上武道之路。
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
故事发生在二千多年前的战国时期，秦始皇统一六国损兵达百万计，项燕兵败阵亡，少羽被困，高渐离、雪女、大铁锤赶来相救。兵败后，盖聂、墨家、项氏一族踏上逃亡之路。李斯进入儒家后，拜访先师荀子，荀子避而不见。同入儒家的少羽尊从法理少年老成，端木蓉由于被白凤所伤终日不醒，张良授计让天明与其对弈救木蓉。星魂对清秀的月儿产生浓厚兴趣反遭冷眼警告，月神把月儿带到东皇太一面前，东皇向她公布了自已的真实身世。少羽与天明观海时得知秦始皇要登临东海尽头的那座城市，暮色归途中又遇见流泪的石兰，交谈中少羽知道杀父仇人蒙恬来了，他该怎么办......
贪恋凡尘又如何？感情是凡人的法术，神仙也在劫难逃。 织女因擅离职守，堕入凡尘，遭星宿反噬，连累牛郎与孩子。多年后，被带往神界的织女后人金风，为替母赎罪而重返人间，收回星宿。途中，他意外结识渴望去往神界寻母的女孩小凡（玉露）。在结伴寻星的历险途中，阴差阳错知晓了织女罪案的真相……
黑魔王用魔力将在天神星掉落的牙齿，变成龙牙兵到处作乱。能力进化的卷毛去攻击龙牙兵，结果越打越多，正当不知所措的时候，薇薇散发出强烈的净化之光将龙牙兵一举消灭。但是因为黑魔王的牙齿被狗将军误吞，所以龙牙兵还是源源不断的出现。薇薇撞见丑恶的龙牙兵，因恐惧而聚集能量变成水晶球要返回地球，怪卡和爷爷则驾驶水瓶号，藉水晶球能量一起前往地球，水晶球进入异次元通道。 星猫被黑魔王捉住，正在危急关头，水晶球从星猫肚子里的异次元通道飞出…… 为了继续对抗黑魔王，星猫搭乘魔法火车前往地球。黑魔王有了上次败仗的经验，决定改造小黑怪，创造了地魔、水魔、火魔、风魔四个最强黑怪。黑魔王本尊的能量也在逐渐的恢复。星猫连同卷毛、薇薇、怪卡和爷爷和邪恶的黑魔王继续战斗。
少年秦墨为寻双亲被害真相，踏出间荒禁地，誓要成为全能高手，争做这天地霸主！一人一狗，坑蒙拐骗，一路逆袭，注定要掀起一场腥风血雨。
