时为战国。醍醐之国主景光，在某所寺院的大堂中，向12尊鬼神像许愿领土繁荣。作为交换而诞生的景光之后嗣，身体各处都有所欠缺，被视作不祥之子而抛弃到河川之中。时光流逝，鬼神实现了与景光的约定，国家迎来了平安。这样的某天，名为“多罗罗”的年幼盗贼，与某个男人相遇。 那是鬼，还是人——两臂装有刀剑，全身皆为人造的男人“百鬼丸”，其无光之瞳紧紧盯着袭来的妖魔。
工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
花园百合铃（大森日雅 配音）是一个标准的中二少女，虽然已经升入了大学，还整日里一副哥特萝莉的打扮，虽然右眼带着眼罩，但实际上视力毫无问题。表面看来，百合铃有些古怪和难以接近，可实际上，她对待朋友非常的热情友善。一次偶然中，百合铃竟然从魔界里召唤出了恶魔邪神酱（铃木爱奈 配音），她可是那里里地位最崇高的恶魔。 邪神酱一心想要回到魔界，而回去的唯一方法就是杀死她的召唤者百合铃，可是实际上，邪神酱是一个笨手笨脚的废柴，每当她设计想要袭击百合铃时，总是会被后者在有意无意之中一招化解。除了邪神酱外，美杜莎（久保田未梦 配音）、佩柯拉（小坂井祐莉绘 配音）等恶魔也降临人间。
在东京以欺诈为生的狡猾年轻人枝村真人，某日遇上了法国人罗兰。被罗兰不骗不相识的真人，决定和罗兰前往洛杉矶做一单大的。两人的目标是好莱坞制作人兼帮派头目埃迪·卡萨诺，在罗兰的计划里，美少女阿比，性感美女辛西娅，老奸巨猾的席翁先后加入，一场最大的欺诈游戏即将开始。
一晃眼，上一次的“黄昏事件”已经过去四年了，风平浪静许久的The World中再度发生了似曾相识的神秘事件。秀悟（皆川纯子 配音）想都没想就进入了游戏之中，而玲奈（中原麻衣 配音）亦尾随其后，一同和他们进入游戏的，还有米蕾尤（松冈由贵 配音）。 不了解这个世界的规则的秀悟很快就吃了瘪，在他和玲奈的面前，竟然出现了罕见的强大怪物铠战将军，而秀悟更是因此game over，就在秀悟弥留之际，一个神秘少女出现在了他的眼前，用一个吻使得秀悟死而复生，复生后的秀悟成为了黄金腕轮的继承者。随着时间的推移，众人发现游戏中的世界似乎遭到了某种侵蚀和破坏，黑暗里，一个阴谋正在缓慢酝酿之中。
从小就在父亲身上学习到了很多生存技能的鬼岛誉（市道真央 配音）、同时参加了田径部和篮球部的超级运动系少女铃森明日香（河野日和 配音）、拥有高超的智商和好学生的外表，实际上却是一个超级腐女的天谷睦（安野希世乃 配音）、个性傲娇而又毒舌，但实际上非常想要得到大家的认可和喜欢的千金大小姐九条紫音（和气杏未 配音），一场空难中，这四名女子高中生成为了幸存者，并且漂流到了无人岛上。 从来都是坐在课堂里学习书本知识的高中生们，该如何应对岛上极为恶劣和极端的情况呢？很快她们便会知道，想要在自然法则里生存下去，就要放弃很多东西。
