将元号改名为“平成”之后的20余年，进入21世纪初期的日本。将日本从闭关锁国状态中解救出来的德川幕府仍然维持着统治，庆康第25代就任将军之位。 故事的舞台是座落在富士山麓的大型教育机构武应学园私塾。在这间学校，学生会执行部将反对德川家的人判定叛乱份子强行进行镇压并把这种行动称之为“丰臣狩猎”。面对他们的粗暴举动，越来越多的人感到不满。 故事的主人公是父亲失踪后，在柳生道场暂代师傅职位的在校生柳生宗朗。他对学生会进行的“丰臣狩猎”行动抱有疑问而主动和执行部保持了距离。然而有一天，柳生宗朗突然收到学生会的命令，要求他明天立刻交出道场。当天晚上，柳生宗朗和平日一样在道场进行修炼，突然间从屋顶上掉下来一名手持兵刃的美少女。之后，这名自称柳生十兵卫三严的美少女用华丽的剑术击退了突然来袭的风纪委员长服部忍群，从这之后，就不断有继承了历史名将名称的美少女出现在柳生宗朗面前。
大学一年级学生·都仓碧因机缘巧合而来到咖啡厅“Rainy Color”打工。在那里他遇到了冷淡的帅哥岩濑启一、举止轻率的樱木凉太、温柔又是女性杀手的老板古贺紫苑、以及过于自由奔放的店主天见浩司。这是在“Rainy Color”展开的真心喜剧！
在每一个角落都被探索完毕的世界中，唯一残留的秘境——大洞穴“深渊”。不知道延续到何方，深不见底的巨大纵向洞穴，栖息着各种奇妙奇怪的生物们，沉眠着现在的人类无法制造的贵重遗物。“深渊”那充满了不可思议的姿态吸引了人们，并驱使人们展开冒险。如此，多次挑战大洞穴的冒险者们，陆续得到了“探窟家”的名号。 住在建造于深渊边缘的城镇“奥斯”的孤儿莉可，梦想着有朝一日成为母亲那样伟大的探窟家，并解开深渊的谜团。这样的某一天，莉可在探索深渊的途中，捡到了有着少年样貌的机器人…？
8月12日，灼热的京都左京区。“下鸭幽水庄”唯一的空调不开了。坏朋友小津昨晚把遥控器给淹了。正当“我”和电影社团“みそぎ”的冷酷美人明石商量对策时，出现了一个长相木讷、素不相识的男学生·田村。据说他是乘坐时光机从25年后的未来过来的。就在这时，“我”突然灵光一闪。用这个时间机器回到昨天，拿起坏掉之前的遥控器不就行了吗！但是，小津他们随心所欲地改变昨天，改写过去。预感到世界毁灭危机的“我”，慌忙介入阻止，不过，已经晚了!最后，遥控器和日常生活能平安回来吗！？以及，“我”和明石的恋爱去向是——?在“昨天”与“今天”之间，放眼世界稀里糊涂胡乱使用时间机器的故事，开始了!
