败犬女主太多了！

——大都市“柳木原”。巨大的繁华街道。 　　——冬季。抬头，映入眼帘便是毫无表情的纯白天空。 　　逃避现实的学生羽田隆；贫困自由业者千岁鹫介；还有无业游民成田隼人。 　　各自怀抱着不同烦恼的年轻人们。他们也将与属于他们的恋爱相遇

　　“东京决战”一年后，布里塔尼亚少年鲁路修在11区（原日本国）过着平凡的学生生活。但是，鲁路修与弟弟罗洛的一次出行，遇到了黑色骑士团的余党。在与少女C.C再次结成契约之后，尘封的记忆摆在了鲁路修的面前。 　　身为帝国王子的鲁路修，为了建立人人平等的世界、让妹妹娜娜丽幸福的世界，而使用GEASS，令人绝对服从的力量，带领黑色骑士团向帝国宣战。带上假面化名ZERO的他，却在一年前的“东京决战”中被好友朱雀击败，被帝国皇帝抹去了记忆。 　　现在，恢复记忆的鲁路修不仅要面对帝国的强大军事力量，更要面对虚假的弟弟罗洛、失踪的妹妹娜娜丽、不知敌友的中华联盟、内部出现分歧的黑色骑士团。面对内忧外患，鲁路修走上了GEASS之力的诅咒——孤独的王之路。

有一天，地球遭到了灰色外星人的袭击。 航空自卫队在外星人的攻击下束手无策，濒临覆没。拯救了航空自卫队的，是不可能存在的有着人类面孔的“传说中的生物”。 因这次事件首次意识到这种生物与人类在地球共存的国家，将他们称为“境界人”，并置于监视之下。 几年后……移民与不可思议的恐怖事件发生，某个机关在这个混乱的世界中成立了。 那就是“境界敢死队（MARGINAL SERVICE）” 这是一个专门打击“境界人”犯罪，并彻底掩盖他们的存在的机关。

在那遥远的宇宙那一边，来自未知世界的威胁正在步步逼近，恐怖的侵略魔爪正在向地球袭来……                                                                      　　西历2000年，伴随着人类科学的不断发展，人类迎来了凭借“G反应机关”获得梦之能源的光辉代。在首都メトロポリタン与纽约之间的的梦幻子弹列车“闪电号“（时速500公里，行程1.5小时）的开通式上，素不相识的比利·其姆拉，贝尼·卡特和罗塔3人被卷入了不可思议的事件之中——就在眼前的“闪电号”列车居然在彩虹色光芒的包围下之消失了……                                                                      　　比利和贝尼开始追查事件缘由，经过调查，他们发现世界各地都发生了同样的蒸发事件，事实真相被不置可否地掩盖，人们在完全不知道威胁即将来临的情况下不明就里地生活着。国连为了查明原因，设立了极秘的地球防卫组织“迷宫机关”，与即将发生的恐怖事件相对抗。                                                                      　　在偶然的机会下，比利和贝尼开始与“迷宫机关”共同行动，二位少年与迷之宇宙人战斗的超特作科学冒险物语就此展开……