银河天使动画第四季。游戏主角之一的乌丸千岁终于登场。
都心から遠く離れ、色濃く残る自然に囲まれた集落──雛見沢村。 かつて、ダムの底に沈むはずだった村は、 今もなお昔と変わらない姿で、 転校生・前原圭一を迎え入れる。 都会で暮らしていた圭一にとって、 雛見沢の仲間と過ごす賑やかでのどかな生活は、 いつまでも続く幸せな時間のはずだった。 一年に一度行われる村の祭り、綿流し。 その日が来るまでは…。 昭和五十八年、六月。 ひぐらしのなく頃に。 日常は突如終わりを告げ、 止まらない惨劇の連鎖が始まる──。
有一天，地球遭到了灰色外星人的袭击。 航空自卫队在外星人的攻击下束手无策，濒临覆没。拯救了航空自卫队的，是不可能存在的有着人类面孔的“传说中的生物”。 因这次事件首次意识到这种生物与人类在地球共存的国家，将他们称为“境界人”，并置于监视之下。 几年后……移民与不可思议的恐怖事件发生，某个机关在这个混乱的世界中成立了。 那就是“境界敢死队（MARGINAL SERVICE）” 这是一个专门打击“境界人”犯罪，并彻底掩盖他们的存在的机关。
尼尔斯（小山茉美 配音）是个调皮捣蛋的小学生，他不爱学习懒惰认性，喜欢捉弄小动物，爸爸（津嘉山正种 配音）妈妈（池田昌子 配音）对他都失去了信心。因得罪了小妖精（槐柳二 配音），尼尔斯被妖精施魔法变成了个小人。常被他欺负的动物们都很高兴，它们纷纷对尼尔斯进行报复。他家常被迁徙的雁群嘲笑的鹅莫尔典经过反复练习飞上了天空，尼尔斯和跟他一起变小的卡骆驼（山崎唯 配音），骑着它飞上了天空，跟着大雁群去旅行了。他神奇地能听懂了动物的语言，在湖边他救了被狐狸袭击的大雁，在途中又救了森林里的小松鼠，一路上尼尔斯遇到了很多危险也在成长中磨练了自己，并从各种动物身上学习它们的优点，也帮助了很多动物。尼尔斯骑着鹅莫尔典在慢长的旅途中，还会碰到哪些困难和危险呢？他能否实现他的愿望变大回到家中变成一个好孩子吗？
故事发生在一个小镇上，冈崎朋也（中村悠一 配音）是光坂高中在校生，因为家庭原因他一直过着浑浑噩噩的生活。他不参加任何社团活动，唯一的朋友是春原阳平（阪口大助 配音）。 某天的上学途中，在樱花飞舞的坡道上，他邂逅了一名少女——古河渚（中原麻衣 配音），从此他的生活发生改变。渚因病休学一年，重返校园的她对周围环境感到相当不适应。她想加入戏剧部，然而戏剧部早已休部。朋也决定帮助她一起开展戏剧部的活动，二人关系变得越发亲密。随后不久朋也在图书馆中结识了一名天才少女一之濑琴美（能登麻美子 配音）。 《CLANNAD》是京都动画根据Key社同名游戏改编的TV版动画作品，动画以游戏原作的古河渚线为主要剧情，并穿插其他女主角的相关剧情。
普通男子高中生加贺谷修一可以变身为怪物但并不是普通的怪物，而是布偶怪物，而且还是少女进入他的身体控制。这样过着日常生活的他，所热爱的日常，某天开始却突然不复存在……
