某个大陆的、某个时代。 大陆南北分割的战争结束了，世界走向了和平。 在战争中作为军人的薇尔莉特•伊芙加登，怀抱着对她来说无比重要之人留下的“话语”，离开军队来到了大港口城市。 踊跃的人群在排列着煤气灯的街道马路上来来往往地穿梭着。薇欧瑞特在街道上找到了“代写书信”的工作。那是根据委托人的想法来组织出相应语言的工作。 她直面委托人、触碰着他们内心深处的坦率感情。与此同时，薇欧瑞特在记录书信时，渐渐明白那“话语”的含义。
“唉呀……过了25岁跟男人分手的话好难受啊！” 居住在北海道札幌，在浓汤咖喱店工作的鼓田美奈丽，在酒馆里与刚认识的当地广播局的导播·麻藤兼嗣谈起了自己的失恋经历。 第二天，就在她跟往常一样准备在工作岗位上开始工作时，店内播放的广播传来了美奈丽恶骂她前男友的声音……原来是麻藤将美奈丽的抱怨秘密录音了下来，并在广播直播中放了出来。美奈丽情绪激动地赶往了广播局。然而，麻藤却毫不畏惧地说了一句。 “小姐，既然你要停下来，那就说明你要负责主播喽？” 在这样的处境下，美奈丽为了辩解刚才的播放内容，拼尽全力地开始了自己的首次即兴直播。结果就是，这场广播出乎意料地大受好评，而后麻藤正式邀请她担任广播播音员。 “你，想不想主持一个冠名节目试试？”
在美国有一座古老的小山丘，山上的教堂里有个叫做保儿之家的孤儿院。里面的两个修女宝妮和雷恩照顾着许多孤儿。在一个大雪的夜晚两个修女听到了婴儿的哭声从外面传来，顺着哭声找去看到了两个在襁褓里的婴儿。她们分别叫甜甜怀特和安妮，转眼10年过去了，小伙伴们渐渐的都被领养走了，甜甜却不愿离开，她和安妮就像亲姐妹一样不愿分开。一次她和安妮外出遇到危险被有钱人布莱顿救下，后来安妮被布莱顿夫妇收养过上了幸福生活。一天甜甜思念安妮在山坡上哭泣，遇到了吹着风笛像童话里王子一样的英俊少年，自从遇到这位心中的白马王子后，甜甜对美好的未来充满了希望。在孤儿院最被宠爱的甜甜，后来来到莱根家给伊莎小姐当玩伴，第一天到莱根家就被伊莎和尼爾兄妹欺负，今后究竟怎样的命运在等带着甜甜呢？
2000年，一个科学探险队在南极洲针对被称作“第一使徒”亚当的“光之巨人”进行探险。在对其进行接触实验时，“光之巨人”自毁，从而发生了“第二次冲击”，进而导致世界大战。最后，人类人口减半，地轴偏转、气候改变。根据对“第二次冲击”的调查，联合国在日本箱根成立人工进化研究所（即 GEHIRN）从事EVA（指机器人）的发展研究，后GEHIRN利用在人工进化研究所下方发现的巨大空洞建造了总部。 另一方面，联合国下属秘密组织SEELE为了使人类进化，开始实行人类补完计划，就是将所有人的灵魂汇集在一起，通过中和每个人的AT力场，使每个人回归LCL之海。 2004年，EVA初号机进行启动试验时发生事故，碇真嗣的母亲碇唯消失，碇源渡开始执行“碇源渡版本的人类补完计划”。2010年，GEHIRN被改建成NERV。 2015年开始，根据SEELE人类补完计划剧本的安排，一种巨型人形生物“使徒”开始在日本登陆，并向NERV总部进攻，NERV组织EVA消灭使徒。在NERV与使徒作战的同时，碇源渡秘密地执行它自己的计划。随着时间推移，碇源渡的计划逐渐被SEELE发现，NERV与SEELE产生了矛盾并不断恶化。 Director's Cut版本的第21～24集由剧场版《Death》篇剪辑而成，收录在20周年纪念版的蓝光中。
