物理魔法使马修第二季

为了应对吉亚迪所开发出的完全独立无人战斗兵器“军团”的入侵，其邻国圣格诺利亚共和国开发了无人战斗兵器毁灭之力。但是，无人战斗机只是空有名号，实际是没有被认可为”人“的人们——86——驾驶，被当作道具来使用。                                    
                               由”86“所组成的部队“先锋战队”的队长少年・辛艾，在只能等待着死亡的令人绝望的战场上为了某个目的而战斗着。在那里，共和国军队的精英・蕾娜就任了新任指挥管制官。她小时候有着被86所救助过的经历，因此想把被作为“人形猪”而遭到轻视的他们作为正常人类来对待。                                    
                               只不过是为了战斗而被作为道具使用的少年以及被寄予了未来期望的精英才女，本不应当有所交集的两人，在激烈的战斗中看到了未来——

“听啊，是正义崩坏的声音。” 　　伪装潜入龙神守望者组织的战斗员D，他是否能成功完成任务？

　　将元号改名为“平成”之后的20余年，进入21世纪初期的日本。将日本从闭关锁国状态中解救出来的德川幕府仍然维持着统治，庆康第25代就任将军之位。 　　故事的舞台是座落在富士山麓的大型教育机构武应学园私塾。在这间学校，学生会执行部将反对德川家的人判定叛乱份子强行进行镇压并把这种行动称之为“丰臣狩猎”。面对他们的粗暴举动，越来越多的人感到不满。 　　故事的主人公是父亲失踪后，在柳生道场暂代师傅职位的在校生柳生宗朗。他对学生会进行的“丰臣狩猎”行动抱有疑问而主动和执行部保持了距离。然而有一天，柳生宗朗突然收到学生会的命令，要求他明天立刻交出道场。当天晚上，柳生宗朗和平日一样在道场进行修炼，突然间从屋顶上掉下来一名手持兵刃的美少女。之后，这名自称柳生十兵卫三严的美少女用华丽的剑术击退了突然来袭的风纪委员长服部忍群，从这之后，就不断有继承了历史名将名称的美少女出现在柳生宗朗面前。

　　高中毕业之后，北原伊织（内田雄马 配音）顺利的进入了大学，即将展开崭新的大学生活。为了上学，北原来到了一座坐落在海边的城市里，和内陆城市完全不同的海洋气候使得北原对未来的生活充满了憧憬和希冀，同时也使他开始接触潜水这项有趣的运动。                                    
                               　　个性活泼开朗略微有些强势的古手川千纱（安济知佳 配音）、温柔体贴实际上对妹妹千沙充满了强烈的占有欲的古手川奈华（内田真礼 配音）、时常顶撞北原但其实对哥哥充满了兴趣的傲娇少女北原栞，在这里，北原很快就结识到了一帮志同道合的好友们。加入了潜水部的北原，又会在这项运动中找到怎样的意义呢？

　　时间是1968年，当学生运动愈演愈烈之际，某大学的医学部出现了一个奇怪的男子。他有着黑白相间的头发，全身到处都是伤痕，而带着伤疤的脸也成为注册商标。这个男人为了获得医师资格证而学习，他的名字是间黑男，并且他通过自己天才的能力，创造了无数的奇迹。并且被后人称为黑杰克。