拯救将近毁灭的世界不是一件简单的任务。因此，当城之内获得了四人的异国旅行的机会，游戏和他的朋友决定要珍惜这次难得的旅行，大概他们是这么认为的吧！在到达他们的目的地之前，他们的飞机失事，他们到了一个荒芜人烟的森林，遇见了神秘的 Dr. Alex Brisbane。Dr. Alex Brisbane惊奇地发现了，距离埃非常悠远的这个地方，有一个秘密的金字塔，通往另一个世界，胶囊怪兽的世界。 当游戏和他的朋友进入这个金字塔的时候，他们魔法传送到远古生物居住的危险王国，他们在一个神秘的迷宫中迷路,为了要找到通道回家,作了许多试验。 当游戏在生命危险的时候，他把的决斗盘换为 Capsule Shooter，一场生死决斗开始
绿化都市风祭。 在这个文明和绿色共存的理想都市里居住着的天王寺瑚太朗和神戸小鳥、吉野晴彦等朋友们过着平凡的每一天。 就在这平静的风祭市里、每年一次的喧嚣时期到来了。 这就是将整个都市气氛烘托热烈的收获祭。 宛如迎接巨大的文化祭一般、瑚太朗开始了捕捉新闻线索的打工。 风祭的未确认生物情报、原本只是超自然现象一般的流言，结果却逐渐被染上了一层真实的色彩。 同时期、瑚太朗的身边也开始逐渐开始出现各种无法解释的现象。 瑚太朗请求神秘研究会的部長千里朱音进行调查协助、而他的朋友们也被卷入了这场调查行动之中。 这对瑚太朗来说、其实只是为了满足自己小小的冒险欲而已。 和充满精力的伙伴们一起度过的话、那真是太好了。 瑚太朗还没有注意到。那和谁都不曾知晓的“真实”的探求之路紧紧联系在一起。 ———能改写过来吗、她的命运。
故事发生于东京，在全球最大体育盛事WSG即将召开之际，知名企业的高官却接连在赞助商酒会现场遭到绑架，而自新名古屋站至东京的最高时速1000km的真空超导磁悬浮列车也被卷入其中，一场牵动国际目光的重大案件就此展开。
与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！
经过了温泉旅行，咲和渚两人以对等的关系继续和直也过着脚踏两只船的生活。加上夺走直也初吻的蜜莉卡，暗恋着直也的紫乃，迎来暑假的五人，恋情的舞台将转往烟火大会、露营，以及冲绳——。 蜜莉卡的妹妹「星崎理沙」也将登场，发展越演越烈的全新正统恋爱喜剧！恋爱火花四溅，充满夏日泳装的第二季就此开幕！
