在一个 6 岁时可以从各种动物神明处获得庇佑的奇幻世界中，性格极其内向、胆小的伯爵令嬢索菲亚·里拉意外得到了最强战斗系神明——“猩猩神”的祝福。她一心只想过平静的学园生活，却因这稀有的强大力量，吸引了王立骑士团的注意，甚至被破格招募为见习骑士。尽管索菲亚努力隐藏自己压倒性的力量，但她的天赋与实力却屡屡引起关注，而骑士团中优秀的年轻骑士们则对她格外关心与温柔守护。在这样一个奇妙的环境中，一场围绕“猩猩神力量”的超展开与意想不到的心动恋爱喜剧拉开了帷幕！
与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！
抱持着帮助他人而化身魔法少女，与此同时却必须背负着残酷的命运。在接二连三的战斗中，善良的美树沙耶加（喜多村英梨 配音）彻底耗尽自己的生命。当她的尸体被晓美焰（斋藤千和 配音）和佐仓杏子（野中蓝 配音）带回时，令她的好友鹿目圆（悠木碧 配音）感受到前所未有的悲伤与痛苦。而从丘比（加藤英美里 配音）那里听说到魔法少女的宿命之说，不禁让她受到前所未有的触动。在杏子的建议下，小圆决定救助沙耶加，而她们即将与最强的魔女之夜（水桥香织 配音）碰面。有关魔女的前途与生命，她们走上一条凶险非常的道路…… 本片为魔法少女的剧场版，分三部上映，由TV版12话重新编集而成。
