社长，战斗的时间到了！

　　憧憬宇宙、不擅长表达的少女小之星海果，遇见了自称外星人、有心灵感应能力的少女明内幽。想去太空的海果和想回太空的小幽，想要用自己的双手建造可以飞去宇宙的火箭，故事就此展开。

　　ゾイドとは、銀河の彼方に生息する、戦う意思を持った金属生命体である。
　　惑星が最後を迎え、人類は第二の故郷として地球を目指すが、ゾイド因子の暴走と不慮のタイムワープで、突如、21世紀の地球にゾイドが出現。ゾイドによる破壊と度重なる地殻変動で地球は一度滅びた。
　　レオは自ら発掘したビーストライガーを相棒に、地球の未来を左右する少女サリーと冒険の旅に出発した。

性格有些孤僻喜爱安静的大学三年级生，樱井真一。总是被小一届，同高中毕业的学妹宇崎花，以各种照顾爱耍孤僻的学长的名义为由，进行各种无厘头的纠缠。虽然一开始觉得有点困扰，但却逐渐习惯起来……

　　时为公元2202年。                                    
                               　　自从宇宙战舰大和号从那场单程长达16万8000光年、通往伊斯坎达尔的壮大航海中回归以来，已经过了3年——。                                    
                               　　在“宇宙恢复系统”之下取回先前蓝色样貌的地球，                                    
                               　　与卡米拉斯帝国缔结了和平条约。                                    
                               　　在复兴的同时，为了防卫而进行的包含最新锐战舰安德洛墨达在内的新锐舰队的整备工作也在推进中。                                    
                               　　伊斯坎达尔的丝塔夏的愿望也化为乌有，地球开始迈向扩军之道。                                    
                               　　这真的是在无可替代的多数牺牲之后，大和所达成的真正的和平吗？                                    
                               　　期盼宇宙平稳的女神特蕾莎的祈愿，将大和邀往新的航海。                                    
                               　　如今，席卷宇宙的加特兰蒂斯的威胁，正在逼近地球——。                         

平凡的大学生·野本裕也，与神秘少女·瞳相遇了。 在没有人烟的废弃场，野本目击到了她变成野兽的模样， 与狮子怪物展开死战的一幕。 他们的真实身份，是同时拥有人类的头脑与野兽的獠牙的“兽斗士”。 并且，瞳是隐藏着最强斗争本能的兽斗士“蜜獾”。 兽斗士们被自古以来支配日本经济的四大财阀三门、八菱、角供、石田所雇佣， 并作为其代理人展开决斗，争夺霸权。之后，野本通过再次与瞳相遇， 被卷入了这些兽斗士们的炽烈战斗“牙斗”当中——。