圣杯是传说中可实现持有者一切愿望的宝物。而为了得到圣杯的仪式就被称为圣杯战争。 参加圣杯战争的7名由圣杯选出的魔术师被称为Master，与7名被称为Servant的使魔订定契约。他们是由圣杯选择的七位英灵，被分为七个职阶，以使魔的身份被召唤出来。能获得圣杯的只有一组，这7组人马各自为了成为最后的那一组而互相残杀。 卫宫切嗣的养子卫宫士郎，偶然地与servant中的剑士Saber（セイバー）订定契约，被卷入圣杯战争当中...
时为2138年。曾卷起一大风潮的虚拟现实体感型网络游戏《YGGDRASIL》即将迎来停服。 玩家飞鼠在曾经以同伴和荣华自傲的根据地纳萨力克地下大坟墓，独自一人安静等待着那一刻。 但，发生了结束时间已过却没有登出的异常事态。 NPC们以自己的意志行动，不止如此，纳萨力克之外展开了从未见过的异世界。 飞鼠为了寻找过去的同伴， 以公会名安兹·乌尔·恭自称，决定在异世界扬名立万。 他与宣誓绝对忠诚的部下一同，向新的地域进军。 将世界收于掌中的死之支配者，于此再临！！
远月学园迎来秋季选拔，获得选拔资格的创真迎来新的挑战。
