数千年后的未来，进入宇宙空间的人类，被分为银河帝国与自由行星同盟这两个拥有“专制政治”与“民主主义”两种不同政治体制的国家。两国之间的抗争持续了150年，以无边无际的广袤银河为舞台，重复着无止境的战斗。银河帝国的门阀贵族社会的腐败，以及在自由行星同盟中被称为“民主主义的弊端”的群愚政治正侵蚀着两个国家。之后，宇宙历8世纪末，两位天才的登场驱动了历史。“常胜的天才”莱因哈特·冯·罗严克拉姆，以及人称“不败的魔术师”的杨威利。两人率领着帝国军与同盟军，展开了不知道是第几次的冲突。
为了应对吉亚迪所开发出的完全独立无人战斗兵器“军团”的入侵，其邻国圣格诺利亚共和国开发了无人战斗兵器毁灭之力。但是，无人战斗机只是空有名号，实际是没有被认可为”人“的人们——86——驾驶，被当作道具来使用。 由”86“所组成的部队“先锋战队”的队长少年・辛艾，在只能等待着死亡的令人绝望的战场上为了某个目的而战斗着。在那里，共和国军队的精英・蕾娜就任了新任指挥管制官。她小时候有着被86所救助过的经历，因此想把被作为“人形猪”而遭到轻视的他们作为正常人类来对待。 只不过是为了战斗而被作为道具使用的少年以及被寄予了未来期望的精英才女，本不应当有所交集的两人，在激烈的战斗中看到了未来——
缝在大脑上的线，俗称“记忆缝线”。 1992年爆发了病毒性脑炎疫情，全靠这项医疗技术才得以平息，而到现在，它已经进化为了日常生活不可或缺的侵入式大脑信息终端。 所见，所闻，乃至感情——在这个一切都会被记录下来的世界里，对重大犯罪案件进行调查时，需要特殊警探“电索官”来潜入记录的集合体“机忆”之中。 天才少女埃缇卡·稗田，保持着成为电索官时的最年轻记录。但她也因为这样的天赋而走到孤立。正在此时，新的搭档，金发碧眼的人型机器人“人类之友”哈罗德，出现在她面前… 在最强的二人面前，一切秘密都将无所遁形！
天地混乱的混沌时代--有一块人和妖怪共存的土地，那里是文明和信仰之源--桃源乡。突然的异变和恐怖袭击了那土地，以往平稳生活着的的妖怪们失去了自我开始了暴走。异变的元凶是“将过去的大妖怪牛魔王给复活了”这件事。 由于在这个世界上被禁忌着的科学和妖术，现在牛魔王的复活要被完成了，负波动覆盖着大地。 看重这事态的天界，下达了请唐三藏去阻止牛魔王复苏实验的命令。同那不怕负波动的三人，孙悟空，沙悟浄，猪八戒一起前往遥远的西天·天竺国的旅行开始了。 与此同时，在天竺国吠登城里，牛魔王复苏实验的策划者张本人，牛魔王的情人玉面公主，向红孩儿下达了除掉三藏一行的抹杀令。红孩儿是牛魔王的儿子，为了救出被玉面公主诅咒封印起来的母亲，同仰仗他的心腹一起发起了挑战。 三藏他们能阻止牛魔王复苏实验，能使走向毁灭的桃源乡再次恢复和平吗？
