C.E.70年2月，地球联合军与ZAFT之间的武装冲突由于“染血的情人节”悲剧而全面升级为地球圈规模的战争。C.E.71年6月，在“非我即敌”的观念驱使下，地球联合军悍然发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。当战斗进行到最激烈的时候，少年真飞鸟失去了父母和妹妹。唯一的遗物就只有妹妹掉落的手机。获救之后，背负着家仇的真黯然离开了故土奥布前往PLANT。两年后，他成为了ZAFT的战士......
虎水银太（熊井统子 配音）是一位在学校不太受欢迎的中学二年级学生，他常常会做一个奇怪的梦，梦中自己来到了一个存在着精灵和咒语的魔法世界中。某日，银太像往常一样踏进教室的大门，准备开启寻常的一天，哪知道却在无意之中走入了通往异世界的大门，大门的那一边，竟然就是银太在梦中曾经见到的世界。 在这里，人人都在寻找名为“ARM”的魔法物品，而银太在机缘巧合之下获得了其中最为珍贵的一件，因此被卷入了层出不穷的纷争之中。在这里，银太结识了杰克（阪口大助 配音）、阿尔维斯（保志总一朗 配音）和白雪（清水爱 配音）等人，一行人所要对抗的，是由强大的魅影（斋贺弥月 配音）所领导的象棋兵团。
进入21世纪已有近20年，在人们已忘记了妖怪存在的现代。
科学无法解明的现象频发，流言飞语散布各处，大人们只能疲于奔命。
希望想办法解决这一情况而写信给妖怪信箱的13岁少女·真奈的面前，
随着咔哒咔哒的木屐响声，鬼太郎来到了…。
