第三期 银河 时空之石事件之后，在圣光之路大赛足球场即将举办全新闪电日本选拔，在获选的选手中，除了天马、剑城以及神童外，全是在其他学校首次踢球的运动选手，他们要如何整顿球队迎接世界的挑战呢？ 此队与剧场版《闪电十一人GO VS纸箱战机》的新生闪电日本队并无关系，是由黑岩监督亲自从日本挑选而组成的球队。 除了雷门的三巨头外，其他八名都是从参加神圣之路的队伍的板凳里选出来，且八人均是踢足球的新手。 目前新生闪电日本队没有板凳成员。 在世界大赛中禁止使用化身（所以更别说极限和体了）。
憧憬宇宙、不擅长表达的少女小之星海果，遇见了自称外星人、有心灵感应能力的少女明内幽。想去太空的海果和想回太空的小幽，想要用自己的双手建造可以飞去宇宙的火箭，故事就此展开。
湯川好蔵は大の温泉マニア。源泉のありかを鼻でかぎつける、温泉ハンターでもあった。 ある時、町おこしのために秘湯を探していた好蔵は、崖から滑落してしまう。 命を落とした彼を異世界に転生させたのは、岩の窪みにひっそりと残っていた、小さな神社のお稲荷さまだった。 そうして好蔵は、お稲荷さまのお使い姫・繭玉さんと共に異世界にやって来る。 さっそく温泉ハンターの血が騒ぎ出し、見つけた温泉で繭玉さんと入浴。 そこに、エルフの少女が現れ……。
“这是预言。一个巨大的危机，将会降临到你们五人的身上。到那时候能保护他们的只有你了。” 小时候曾经历过被人诱拐的高中二年级生堂岛大介，与儿时玩伴的阿凯、小露、铃铃、庆作一起，被卷入了不可思议的现象“涩谷传送”之中。 涩谷的市中心区穿越到了300年后的“未来”。在那里等待着他们的是，广阔无际的荒野和森林、散布的废墟……以及，未来人“修订者（revisions）”与他们操纵着的巨大机械怪物。 为了拯救理由不明地被肆意蹂躏着的涩谷，此时出现的是与诱拐事件中大介的恩人有着相同名字的少女·米罗。她为大介他们提供了只有他们能够操纵的人型兵器“提线木偶（string puppet）”，帮助他们守护涩谷。 对于诱拐事件的恩人——米罗曾经说过的“保护同伴的命运”的预言，大介一直都是以此为信条活至现在，他因为终于降临的危机和得到的力量而感到高兴。但是，儿时玩伴的五人之间的牵绊也因为诱拐事件而变得支离破碎。 被孤立的城区。未知的敌人。不确定的过去与命运的预言。少年少女们，为了取回“现在”而向“未来”发起挑战。绝对，要回到原来的时代——
