故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突，因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯（Titans）结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段，反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干，港译为奥古)结成。故事的开始于宇宙世纪0087年（U.C. 0087），前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系的对抗，中段吉恩残余份子上阿克西斯(港译为阿古捷斯)登场，与奥干、泰坦斯角力周周旋，展开激战。
15世纪的欧洲某国。在跳级中被允许进入大学的神童拉法尔。他回应了周围的期待，宣布将专攻当时最重要的神学。但是，从以前开始就热心投入的对天文的热情一直没有被抛弃。 有一天，他遇到了一位名叫休伯特的神秘学者。因为触犯了基于异端思想的禁忌而受到拷问，被关进监狱的休伯特。 他研究的是关于宇宙的冲击性的“某个假说”——。
鸣人和佐助的因缘之战结束2年之后，木叶忍者村临近冬日的祭典。鸣人在拉面店“一乐”与一同成长起来的同伴们正度过着快乐的时间。在那之中，带着自己偷偷编织的围巾的雏田仍然没能传达自己的心意。雏田对于只能一直在旁边守望的自己感到厌恶。这时，一个神秘的男人突然现身了。千钧一发之际，鸣人前来搭救了雏田，但那个男人却留下“你们将迎来灭亡的命运。就在这时，伴随着强烈的光芒，陨石贯穿了夜空…… 五影会谈紧急开幕。在那里就座的是各国的首长雷影、水影、土影、我爱罗。月球不断靠近地球，其残骸将会落向地面，可以说人类灭亡的倒计时已经开始了。忍者们为此陷入混乱。鸣人与小樱、鹿丸、佐井以及雏田开始展开调查，并到达了一个刻着巨大咒印的异质地底空间。在那里等着他们的是，“某个计划”以及大筒木舍人。这个男人的真实身份是曾经与鸣人、佐助展开殊死决斗的查克拉之祖大筒木辉夜的子孙。在那瞬间，率领着傀儡队的舍人现身，以压倒性的力量将鸣人等人击倒。雏田也终于落入了舍人的手中。与此同时，地面上的人们与不断降落的陨石所进行的壮烈防卫战也即将迎来极限。舍人终于道出的“真正的最终计划”究竟是！？大筒木一族，以及雏田她们的日向一族之间的悲哀宿命究竟是！？即将到来的地球最后之日，众人各自心怀不屈的意志，超越时空展开激烈的冲突！
17岁少女神原骏河（泽城美雪 饰）拥有与众不同的人生经历，童年时代她从亡母手中接过能够帮助人实现三个愿望的猿猴之手。据说只要向猿猴之手祈愿，甚至可以改变看似不可逆转的命运，但是许愿的人也将付出巨大的代价。在前辈阿良良木历（神谷浩史 饰）的帮助下，猿猴之手最终依附在骏河的左手上，她不得不每日缠着绷带掩盖不平凡的一切。这个春天，骏河成为三年级的学生了。而就在此时，学校内外关于“恶魔大人”的传言甚嚣尘上。觉察到异样的骏河展开调查，谁知却遭遇了毕生无法忘却的宿敌…… 本片根据日本小说家西尾维新创作的轻小说改编。
作为实现愿望的代价，在无人知晓的情况下不断战斗的魔法少女们。然而，环伊吕波，却忘记了自己的愿望。“成为魔法少女的时候，我是许了什么愿望来着？”日常当中突然出现的空洞。失去了的某件重要之物。连理由都不知道，就这样kkju.cc每天不停地战斗…… 就在此时，魔法少女之间开始流传某个传闻。“若能去神滨的话，魔法少女就能得到拯救”。魔法少女与传闻集中的城市，神滨市。寻求着自己失去的愿望，环伊吕波的故事开始了——
作为异形眷属之王的第99个祭品而被献上的少女——莎莉菲。 她接受了自己的命运，走向了活祭仪式。 然而在那里，她却发现了谁也不敢接近，被万众恐惧的国王“莱昂哈特”的真实一面，并且被迎娶为妃子。
