来自深渊第一季

「你知道浦岛隧道吗？据说只要进入那条隧道，就能得到任何想要的事物；但相对地也会变老——」 高中生塔野薰听说了这样的都市传说，碰巧就在当天夜晚，发现了疑似传言所指的隧道。只要进入这条隧道，或许就能救回五年前过世的妹妹。 放学后，薰开始独自探勘隧道，却被转学生花城杏子发现。两人为了得到彼此想要的东西而携手合作。充满前所未有体验的惊奇夏天，即将开始。

　　正在调查坠落在太平洋上的不明飞行物体的海上自卫队二尉有动贵文（大澄贤也），遇到了突然出现的蓝光，受发光体的影响，导致遗传因子标准的变质，变成了凶恶的怪兽THE ONE。之后，他（THE ONE）从防卫厅内的特殊机关BCST（对生物工程学的研究机关）的监视下逃走，从此就没了音训。
　　另一方面，航空自卫队F15J飞行员真木舜一（别所哲也），为了多点时间陪伴患有先天性疾病的儿子继梦决定辞去官职。在最后一次飞行中真木与“红色发光体”在空中相遇。这是the one事件后3个月发生的事情。但是真木奇迹般地生还，然后转职成为了民航机飞行员，展开了新生活。对这样的真木还是有机关非常关注，尤其是BCST中的化学担当官水原沙罗，BCST将真木强制带走，在废工厂中搭建的BCST研究室进行身体上的监视。此时行踪不明的怪兽THE ONE像被某种东西吸引而回来了。遭受THE ONE攻击而濒死的真木，身体发生了变化，在红色光球的力量之下变身了！变成身高10M拥有银色光芒的钢铁身体型态，偶而还有自己意志的真木，跟THE ONE展开作战，但是因为变身不完全，能量快速消耗，在遭到决定性的一击后变回了真木舜一的型态。然后沙罗将这个在THE ONE之后出现的生命体定名为“THE NEXT”。
　　真木在从东京被护送回BCST研究室的途中得知了儿子继梦入院的消息,在赶到医院后跟妻子蓉子再次的碰面了。此时,人类最大的危机出现了,在吸收了各式各样的生物进入体内而产生变异的"THE ONE"重返出现在新宿的街道上,从口中发出的的超绝火炎光弹将街道烧毁殆尽有恸的人格已经被"THE ONE"取代,已经成为不能变回为人的状态。不过那样的有恸以前与水原沙罗却是有着婚约的情侣为了沙罗心中的回忆，并且为了跟儿子继梦的约定，为了保护心爱的家族，真木再次变身。那个姿态更加进化成巨大化40m，在间接部有像流血般的红色，两肘的特征是出现肘刀。现在，以新宿副市中心为舞台，ULTRAMAN与"THE ONE"的决战之火开始燃烧了！

　　居住在东京下町父母双亡的四月一日家的三姐妹四月一日一花、二叶、三树。母亲在她们幼小时去世。父亲也在去年去世，姐妹三人居住在父亲留给她们的独立家屋中。某日 、结婚后的二叶离开娘家，开始和一花、三树一起生活，这样的四月一日家中到来了带着某个目的的神秘女高中生 （物述有栖）另一方面，搬家的二叶在卡拉OK吧「雅子」开始打工。在卡拉OK吧中老板娘的女儿・大森神生湖（天神子兔音）和酒屋的女服务生・若木春（夏色祭），打工同事的演员少女·山村忍（大空昂），三姐妹的表妹姐雨夜瑠美（朝之瑠璃）等充满个性的成员和四月一日三姐妹+借住陷入了大混乱……

　　
　　4月2日，全新的游戏王动画始动！讲述18岁新主角集齐6（原五张）龙卡的全新故事！　 　　武藤游戏的时代数十年后的童实野町，演变成了阶级社会的未来都市——新童实野市。主人公不动游星驾驶着决斗盘的进化型D轮摩托以从下层区到上层区为目标奔驰。　 　　以夺走对自己和朋友很重要的卡星尘龙的为所欲为的竞敌·骑乘决斗的冠军人物杰克·阿特拉斯所在的决斗竞技场为目标，终于游星和杰克对峙了。怀着各自的坚定信念的他俩的王牌怪兽——星尘龙与真红魔龙展开激烈冲突！在二龙之战中忽然出现的神秘红龙，让游星的手臂浮现出了龙之印。由龙之印所引导的各自的命运在这一刻开始了。到底为朋友而战的游星前面等待着他的会是什么？龙之印所带来的到底又是什么呢？ 　　时代是游戏王GX后的几十年。 　　决斗盘进化！骑乘决斗大为流行！ 　　在5D'S的时代，结合了摩托竞速与卡片游戏的竞技骑乘决斗，以骑乘型最新决斗盘D轮进行的高速感决斗十分流行，让观众也跟着狂热起来！新怪兽陆续登场！新动画当然也是充满各种决斗场面！ 　　从没见过的怪兽们正极度活跃之中。 　　游戏王5D’S的卡片也有所不同了： 　　新规则中白色同调怪兽卡追加！ 　　这次的新规则中添加了一种名为同调怪兽的白色卡片，能力：放在额外卡组，如果场上的对应协调怪兽和其他怪兽的等级合计与同步怪兽的等级吻合可以特殊召唤。
　　卫星区篇
　　以武藤游戏所在时代数十年后的童实野市为舞台。那时的童实野市被称为“新童实野市”，是一个根据身份高低分为上层地带和下层地带的阶级社会，流行着使用被称为“D轮（D Wheel）”的摩托车型决斗盘决斗的“骑乘决斗（Riding Duel）”。　不动游星在新童实野市的下层地带“卫星区（Satellite）”中与同伴们一起生活着。因被对手——骑乘决斗的KING“杰克·亚特拉斯”偷走了自己最重要的卡“星尘龙（Stardust Dragon）”，为了把它夺回，游星逃出了卫星区。
　　Duel of Fortune Cup篇
　　再会后的游星与杰克在Stadium进行了骑乘决斗。在白热化的战斗展开途中，两人的手臂突然出现了印记，最后伴随着双方的王牌龙互相攻击，神秘的红龙出现了。得知此事的治安维持局长官雷克斯，将游星的同伴捉走作为人质，强迫他参加优胜者可以获得向KING杰克的挑战权的“Duel of Fortune Cup”大赛。在这个大赛里被雷克斯吸引过来的游星、超能力决斗者十六夜亚纪、天才决斗少女龙可、还有杰克4人、都觉醒为“红龙的龙印者”，最后获得优胜的游星在与杰克的决斗中获得了胜利，成为了新的决斗王。
　　暗印者篇
　　原来Fortune Cup是歌得温为了集合龙印者所举办。另一方面，一群名为“暗印者”的决斗者已经蠢蠢欲动，他们能够展开会令决斗者受到真实伤害的“黑暗决斗”，以及使用一种叫“黑暗同步”的新战法，以及在背后控制他们的“地缚神”。游星以建造连接卫星区和都市区的代达罗斯桥为条件，前往卫星区阻止“暗印者”的计划。
　　WRGP篇
　　与“暗印者”之战半年后，连接卫星区和都市区的桥梁终于完成，彼此的界线总算消失。全市还建造了大量专为骑乘决斗而设的高速公路，还开发了高速世界2取代以前的高速世界，世界大赛“WRGP”开幕在即，游星等人组成“5D'S队“参赛。然而，新的威胁已经悄悄地来临——神秘组织“太一”的三皇帝出现，使用可以吸收同步怪兽的“机皇帝”欲图毁灭童实野市，市区上空不时浮现不祥的黑影。双方在大赛决战相遇，这场战斗的胜负将决定童实野市的存亡。
　　弧线摇篮篇
　　虽然阿波利亚被打败，带来毁灭的黑影正体”弧线摇篮“还是出现了，童实野市危在旦夕。而主使这一切的”Z-ONE（忘-我）“也终于浮出水面，来自被破灭未来的他要毁灭灾祸的肇源童实野市改变未来。游星等人不能认同他的做法，登上”弧线摇篮“与”Z-ONE“展开最后的决战。最终，Z-ONE被游星击败，弧线摇篮消失，游星拯救了童实野市，平安归来。
　　后日谈
　　Z-ONE被打败数年后游星等人的故事。
　　副注
　　现在看到的故事剧情是在Z-ONE介入改变历史后的情况。原本的历史到暗印者就是最终BOSS，没有WRGP存在。之后游星与同伴参加各种国际大赛，在不断的磨炼中领悟“CLEAR MIND”、加速同步、三角加速同步，成为将人类领向进化新时代的传奇人物。但在未来人类因为过快进化滥用同步而恶欲膨涨，招来毁灭。Z-ONE为改变介入了过去改变了历史，故事才有了现在的情况。

　　有一天，馬古路星人及孿生怪獸來襲地球。當時身任地球防衛隊MAC的隊長諸星團，立即變身為賽文奧特曼迎戰。但不敵，幸得雷歐奧特曼現身相助，才合力把怪獸趕走。
　　在此戰役中，諸星團因傷重而瘸腿，且損壞了奧特眼鏡，便再不能夠變身成賽文了。因此，他誠邀鳳源（雷歐奧特曼）加入MAC，並委以保衛地球的重任。

　　从表面上来看，美夕（长沢美树 配音）是一个普通的少女，但她还有着第二重身份——东方吸血鬼。但是，作为一个吸血鬼，美夕的猎物并不是人类，正相反，她的任务是解救被“魔神”侵蚀的人类，不惜一切手段，甚至是将人类送入地狱。“魔神”，是善于控制人类心智的一种魔物，它们潜伏在人类的内心深处，待到最恰当的时机突然爆发，而这种爆发，对于人来来说，往往都意味着死亡。美夕正是用吸血的方式，将魔神驱逐出人类的身体再加以消灭。同时，作为美夕一直的敌人，冷羽（绪方美惠 配音）一直在其后紧追不舍。
　　在战斗的进程中，美夕渐渐发现，魔神并不是真正的敌人，真正的敌人是躲在魔神背后的操纵者，只有消灭了操纵者，才能够使人类获得永恒的救赎。而当操纵者的真面目出现在美夕面前时，美夕受到了极大的震撼。