工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
神崎瞳（坂本真绫 配音）是一位平凡的十五岁高中女孩，她喜欢着田径队的学长天野，却又没有勇气将自己的心意告诉他。某日，瞳意外得知天野一家人即将移民，这也就意味着，瞳将再也无法见到学长了。与此同时，奇怪的场景和幻想接二连三的出现在了瞳的梦中，这真实的场面让瞳感到十分困扰。 在一个神秘声音的指引之下，瞳来到了异世界盖亚，现身于龙之铠甲艾斯嘉科尼之中。原来，瞳的真实身份是“羽翼之神”，亦是唯一能够拯救同黑龙族陷入战争的盖亚之所在。肩负着巨大的压力，瞳这才感受到生命的沉重，她同龙族的年轻国王邦（关智一 配音）并肩作战，誓要保护盖亚这片纯洁的土地。
吉川春生（市来光弘 配音）是一名平凡的男子中学生，和自己的三个妹妹过着相依为命的生活。吉川舞夏（中原麻衣 配音）十分贤惠，擅长料理家中上下的各种事务，对春生有着强烈的占有欲。吉川千秋（酒井香奈子 配音）的运动神经异常发达，是一个活泼开朗的女孩。吉川冬乃（金田朋子 配音）视金钱如命，将家族的利益摆在第一位。兄妹四人虽然平日里吵吵闹闹的，但彼此之间的羁绊十分深厚。 某日，春生的学校里来了一位名叫魔宫步（野川樱 配音）的转校生，在误打误撞之中，步竟然住进了春生家，成为了家中的女仆担当。实际上，步是一名魔女，她接近春生有着她自己的算盘。
