在遥远的神话时代，冥王哈迪斯曾率领108冥斗士向人类世界发起攻击，智慧女神雅典娜则率圣斗士们奋起迎敌。连番苦战之后，哈迪斯及其军团战败，他们全部被雅典娜封印，而圣斗士也几乎损伤殆尽。 数千年后，女神的封印失去效力，古塔中的冥斗士又重新蠢蠢欲动。复活后的哈迪斯及其冥斗士将魔爪伸向圣域。连番恶战，圣域几近毁灭。参透阿赖耶识的处女座圣斗士沙加和女神雅典娜以活体闯入冥界。青铜5人组以女神之血修复业已破损的圣衣，随后闯入潘多拉城。 战场移到黑暗的冥界，一场绵亘了数千年的正邪大战就此展开……
故事发生在私立学院的解谜部之中，井藤野乃叶（清水香里 配音）是解谜部的创始人，解谜部以解开世界各地难解之谜，参加全国高中生解密选手赛为目标活跃在校园之中。 个性阳光开朗，运动万能的大门界人（浅沼晋太郎 配音）、长相凶恶貌似不良少年的逆之上住门（福山润 配音）、外表十分可爱但内里却腹黑至极的丘比克（宫田幸季 配音）、学生会会长轴川总司（石田彰 配音），在解谜部中汇聚了各路高智商大神，其中，大门界人的出色表现吸引了神秘智慧集团POG的关注，他们通过暗中操纵，使得大门界人一行人开始挑战一个名为“贤者之谜”的危险游戏。
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齐木楠雄（神谷浩史 配音）是一名十六岁的高中二年级学生，从一出生开始，他便是一名全能超能力者，几乎掌握了一切叫得上名字的超能力，这表面上让人无比羡慕的特质却让齐木楠雄的生活陷入了无聊的绝望之中，因为他几乎不用付出任何的努力，便可以为所欲为。于是，齐木楠雄封印了自己的超能力，致力于做一个默默无闻的普通人。 然而，齐木楠雄的身上似乎散发着吸引怪咖的电波，笨蛋不良少年燃堂力（小野大辅 配音）、中二病末期患者海腾顺（岛崎信长 配音）、色胆包天的灵能力者鸟束零太（花江夏树 配音）、从头到脚从内到外都闪耀着完美光辉的照桥心美（芽野爱衣 配音），这些千奇百怪个性迥异的怪人们总是一次又一次的将力求平凡的齐木楠雄拖入麻烦之中。
天生拥有一头如红频果般美丽发色的少女，白雪，因为这样的稀有发色而被恶名昭彰的拉冀王子看上，打算强行纳她为爱妾。感到困扰的白雪决定离开自己的国家，并在邻国克拉利涅斯的森林之中，遇到了一名少年，千。 在与千成了朋友，且与拉冀王子有关的问题也解决后，白雪决定在克拉利涅斯王国留下来，朝自己的目标努力着......
