ヒャッコクジムのジムリーダー・ゴジカに勝利し、7つ目のジムバッジを入手したサトシ達は8つ目のポケモンジムがある街・エイセツシティに向けて、旅を続けていた。その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。 击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后，小智一行人继续以收集齐八枚徽章为目标向映雪市进发。在旅途中，他们遇到了正体不明的绿色生物“小软”（基格尔德·核心）及为其目标而行动的神秘团体“闪焰队”。
将元号改名为“平成”之后的20余年，进入21世纪初期的日本。将日本从闭关锁国状态中解救出来的德川幕府仍然维持着统治，庆康第25代就任将军之位。 故事的舞台是座落在富士山麓的大型教育机构武应学园私塾。在这间学校，学生会执行部将反对德川家的人判定叛乱份子强行进行镇压并把这种行动称之为“丰臣狩猎”。面对他们的粗暴举动，越来越多的人感到不满。 故事的主人公是父亲失踪后，在柳生道场暂代师傅职位的在校生柳生宗朗。他对学生会进行的“丰臣狩猎”行动抱有疑问而主动和执行部保持了距离。然而有一天，柳生宗朗突然收到学生会的命令，要求他明天立刻交出道场。当天晚上，柳生宗朗和平日一样在道场进行修炼，突然间从屋顶上掉下来一名手持兵刃的美少女。之后，这名自称柳生十兵卫三严的美少女用华丽的剑术击退了突然来袭的风纪委员长服部忍群，从这之后，就不断有继承了历史名将名称的美少女出现在柳生宗朗面前。
突然起こった製鉄所の爆発事故により全ての出口を失い、時まで止まってしまった町で暮らす中学三年生の正宗。いつか元に戻れるように、住人たちは変化を禁じられ鬱屈した日々を過ごす中、謎めいた同級生の睦実に導かれ、製鉄所の第五高炉へと足を踏み入れる。そこにいたのは喋ることのできない、野生の狼のような少女―。二人の少女と正宗との出会いが世界の均衡を崩していき、日常に飽きた少年少女たちの、止められない＜恋する衝動＞が世界を壊し始める―。
主角春日野悠和他的双胞胎妹妹穹在父母死于事故之后，来到了位于名叫奥木染的小村的祖父的家中，在那里开始新的生活。一边和不习惯的家务事奋战，一边还要照顾平时足不出户、什么事情都不会的妹妹穹，悠的生活变得异常艰辛。
在与昔日到访奥木染时认识的天女目瑛和依媛奈绪重遇、认识了新的朋友、和以前一样几乎没有变的城镇和人们。这令人怀念的回忆和温馨的环境，治愈着悠心中的伤痕。在这样的过程中，慢慢地发生了一些变化。儿时定下的只属于两个人的秘密约定以及所失去的重要东西的下落。还有，定下了这个地方的真正理由。很快悠注意到了对自己来说谁是重要的存在……
面对伤痕累累，一路蹒跚走过的她，悠要如何面对呢？在阳光灿烂的初夏天空下，故事，就这样开始了……
“这是预言。一个巨大的危机，将会降临到你们五人的身上。到那时候能保护他们的只有你了。” 小时候曾经历过被人诱拐的高中二年级生堂岛大介，与儿时玩伴的阿凯、小露、铃铃、庆作一起，被卷入了不可思议的现象“涩谷传送”之中。 涩谷的市中心区穿越到了300年后的“未来”。在那里等待着他们的是，广阔无际的荒野和森林、散布的废墟……以及，未来人“修订者（revisions）”与他们操纵着的巨大机械怪物。 为了拯救理由不明地被肆意蹂躏着的涩谷，此时出现的是与诱拐事件中大介的恩人有着相同名字的少女·米罗。她为大介他们提供了只有他们能够操纵的人型兵器“提线木偶（string puppet）”，帮助他们守护涩谷。 对于诱拐事件的恩人——米罗曾经说过的“保护同伴的命运”的预言，大介一直都是以此为信条活至现在，他因为终于降临的危机和得到的力量而感到高兴。但是，儿时玩伴的五人之间的牵绊也因为诱拐事件而变得支离破碎。 被孤立的城区。未知的敌人。不确定的过去与命运的预言。少年少女们，为了取回“现在”而向“未来”发起挑战。绝对，要回到原来的时代——
“如果你知道真正的我以后还敢说喜欢我的话，我倒是可以跟你交往。” ——少女二阶堂夏步在搬家当天差点被卡车撞到，幸好一位大帅哥及时出现并拯救了她一命。自小就不谙世事的夏步就此坠入了情网，但那位身高173公分的帅哥其实有个天大秘密……那就是他今年才就读小学五年级！？
