1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
《智龙迷城》新作动画讲述的是以现代为舞台，热血小学生明石大河（原名：明石タイガ）以职业游戏玩家世界的第一名为目标而奋斗的成长故事。
居住在六叶镇的双胞胎兄妹，王道游飞和王道游步，是经营着稍微有些可疑的宇宙人驱逐公司UTS（宇宙人纠纷咨询所）的小学生。 用游飞制作的神秘装置寻找外星人，每天都过着徒劳而辛苦的生活。 ....没错，直到那天！！ 使用最新制作的神秘回收机，二人终于寻找到了真正的宇宙飞船，并在那艘宇宙飞船上邂逅了来自遥远彼方ベルギャー星団的外星人，ユウディアス！ 现在，自遥远银河尽头而来的宇宙战士，将在名为“超速决斗”的新战场奔驰战斗！ 要上了！GoRush！
正在调查坠落在太平洋上的不明飞行物体的海上自卫队二尉有动贵文（大澄贤也），遇到了突然出现的蓝光，受发光体的影响，导致遗传因子标准的变质，变成了凶恶的怪兽THE ONE。之后，他（THE ONE）从防卫厅内的特殊机关BCST（对生物工程学的研究机关）的监视下逃走，从此就没了音训。 另一方面，航空自卫队F15J飞行员真木舜一（别所哲也），为了多点时间陪伴患有先天性疾病的儿子继梦决定辞去官职。在最后一次飞行中真木与“红色发光体”在空中相遇。这是the one事件后3个月发生的事情。但是真木奇迹般地生还，然后转职成为了民航机飞行员，展开了新生活。对这样的真木还是有机关非常关注，尤其是BCST中的化学担当官水原沙罗，BCST将真木强制带走，在废工厂中搭建的BCST研究室进行身体上的监视。此时行踪不明的怪兽THE ONE像被某种东西吸引而回来了。遭受THE ONE攻击而濒死的真木，身体发生了变化，在红色光球的力量之下变身了！变成身高10M拥有银色光芒的钢铁身体型态，偶而还有自己意志的真木，跟THE ONE展开作战，但是因为变身不完全，能量快速消耗，在遭到决定性的一击后变回了真木舜一的型态。然后沙罗将这个在THE ONE之后出现的生命体定名为“THE NEXT”。 真木在从东京被护送回BCST研究室的途中得知了儿子继梦入院的消息,在赶到医院后跟妻子蓉子再次的碰面了。此时,人类最大的危机出现了,在吸收了各式各样的生物进入体内而产生变异的"THE ONE"重返出现在新宿的街道上,从口中发出的的超绝火炎光弹将街道烧毁殆尽有恸的人格已经被"THE ONE"取代,已经成为不能变回为人的状态。不过那样的有恸以前与水原沙罗却是有着婚约的情侣为了沙罗心中的回忆，并且为了跟儿子继梦的约定，为了保护心爱的家族，真木再次变身。那个姿态更加进化成巨大化40m，在间接部有像流血般的红色，两肘的特征是出现肘刀。现在，以新宿副市中心为舞台，ULTRAMAN与"THE ONE"的决战之火开始燃烧了！
「你不是真正的伙伴——」 已经不能在前线战斗的英雄·雷德，被队伍里的贤者判断不再是战力后逐出了勇者队伍。 「唉——那段日子可真难熬啊」因为雷德离开了队伍，贤者一行人陷入了大混乱中，而当事人却一无所知的在边境开了一家药店，兴致满满地度过每一天。 「我也可以在这家店工作吗？需要包住！」曾经是伙伴的公主突然到来？！ “悠闲愉快地经营药店”、“和冒失鬼公主的超甜生活”、没有得到回报的英雄上演的美妙第二人生即将开幕！
