这里是人、神、魔等种族共同生活的神秘世界，密斯塔尔希亚 过去，黑银之翼的巴哈姆特曾几乎令这个世界毁灭 但人，神，魔三族共同战斗 作出了巨大的牺牲后，终于把它的力量封印了起来 接着，神与魔两方分别保存着封印钥匙的一半 二千年以后，世界始终和平安宁 不知从什么时候起，人类将巴哈姆特当作了独一无二的尊贵存在，畏惧并崇拜它 某一天 一位少女夺走了保护严密的神族的钥匙 世界的均衡渐渐被打破 当巴哈姆特再次发出吼声之时 世界再次落入绝望的深渊 世界啊，毁灭吧！ 某个声音如此肯求着
故事发生在名为樱才学院的私立高中。原身为女子学校的樱才学院，迫于男女比例的社会压力，将作为综合学校向社会开放。今年，学校迎来了首批男性学员入学，虽然28:524的男女比例使新入校的男生们感到分外紧张，但作为一所综合性学校，樱才高中崭新的未来开始了。 作为二十八分之一，津 田隆利（浅沼晋太郎 配音）以其各方面看来都无比普通的成绩获取了入学资格。在校园中，隆利结识了学生会会长天草筱（日笠阳子 配音），从而开始了自己的学生会生涯。书记七条天空（佐藤聪美 配音）、会计萩村铃（矢作纱友里 配音）、顾问横岛鸣子（小林优 配音）等女性陆续出现在了隆利的身边，而这些外表可爱美艳的女孩们，却都拥有着无论如何都不能用正常来概括的性格，这究竟是怎么回事？
又回去魔女幼稚园的小花，为了和升上六年级的DoReMi等人一起上学，使用魔法把自己变成一位12岁女孩。但因为魔法冲击太大导致她的水晶球无法承受而全数粉碎，不过也成功的到了人类世界，并转学到美空小学六年一班，和DoReMi与小桃子同班。因为失去了原来的水晶球，为了让小花再度成为魔女，因此就需要参加魔法升级考试，而DoReMi五人则继续以见习魔女身份从旁指导小花，如果小花通过一级考试，则她们同时也会正式恢复魔女身分。故女王凿下了自己水晶球的一部分，分成5颗水晶球给DoReMi等人。最终，在大家的努力下，经过重重磨难，小花重新成为魔女，而DoReMi等人也小学毕业，向着自己的梦想前进着。
