有尾一族想要占领地球，企图统治人类，梦野博士为了阻止其野心，创造出科学战队来拯救人类。
故事的主角纱伊阿九斗，为了替社会尽一份心力而转入康士坦魔术学院就读，并以成为国家一级魔法师为目标而决心努力。没想到第一天上课的就获得一段内容相当夸张的预言，拜预言所赐，等待他的是堪称多灾多难的校园生活。他将面对被身为班长的女同学怨恨、被一名拥有不可思议能力的少女黏着不放，甚至还遭到帝国监察员的少女型人造人随时跟监等……
时间是1968年，当学生运动愈演愈烈之际，某大学的医学部出现了一个奇怪的男子。他有着黑白相间的头发，全身到处都是伤痕，而带着伤疤的脸也成为注册商标。这个男人为了获得医师资格证而学习，他的名字是间黑男，并且他通过自己天才的能力，创造了无数的奇迹。并且被后人称为黑杰克。
本片改编自TYPE-MOON出品的文字冒险类游戏《Fate/stay night》，是该游戏最终路线“HF线”动画剧场版全三部作品中的第二章。通过女主角间桐樱的视角，讲述了御主和英灵为了得到可以实现一切愿望的圣杯而相互厮杀的一场战争。 时隔10年在冬木市爆发的这场“圣杯战争”中，因被称为“圣杯战争”御三家之一的间桐家的当家·间桐脏砚的参战而变得更畸形、扭曲和恶化。作为御主参战的卫宫士郎也在战斗中负伤还失去了英灵Saber，尽管如此士郎为了守护间桐樱，并没有从战斗中引身退出。而担心士郎身体的樱，自己也无法逃离魔法师的宿命……
