在科技发达的未来，网络上流传着一种真假不明、被称为“全息幽灵”的奇怪现象。初中一年级的天之河宙因为启动了父亲留下的被称为“数码暴龙机”的神秘设备，开始能看到大家看不见的未知生物“数码宝贝”。父亲将一只顽皮的数码宝贝“伽马兽”托付给宙，自那天起，宙便被卷入了各种奇怪的事件之中……
主角小野寺律于初中时与嵯峨政宗（后因为父母离婚的关系改名为高野政宗）在图书馆一见钟情，起因是政宗帮他拿到了高处的图书。之后小野寺律从借书处得到了政宗的姓名，并开始借阅他读过的图书、进行各种跟踪行为以加强对政宗的了解。（为了不被发现，谨慎的他在借阅图书时使用了虚假的班级和假名——织田律，这也是高野未能在小野寺律申请就职时便知道其身份的原因）。结果在苦恋三年后，小野寺律由于在图书室借同一本书时碰到嵯峨的手，不知所措之下向嵯峨前辈告白，戏剧性的两人有了一段短暂而深刻的爱恋。由于嵯峨前辈觉得小野寺律傻傻的很可爱，发出一声轻笑（其实是为了掩饰自己的害羞），使双方都误会对方，自此分手。但是冷酷的嵯峨前辈对小野寺律有着很深的爱恋，因为小野寺律一直温暖着嵯峨政宗。
桐人、尤吉欧、爱丽丝。 距离两名修剑士和一名整合骑士打败了最高祭司阿多米尼斯多雷特已过去了半年。 结束了战斗，爱丽丝在故乡卢利特村生活。 在她的身旁，是失去了挚友，自己也失去了手臂和心的桐人。 献身般支撑着他的爱丽丝，丝毫没有保留像以前一样作为骑士的心。 “告诉我，桐人……我究竟该怎么办？” 然而，通往将 Underworld 全境引向悲剧的“最终压力测试”的倒计时，却毫不留情地推进着。 仿佛与之相呼应一般，在“黑暗领域”的深处，暗黑神贝库达复活了。他率领暗黑帝国的军队，为了得到“光之巫女”，开始向“人界”进攻。 指挥“人界”军队的贝尔库利等人，决心与“黑暗领域”的军队展开前所未有的大战。 但在他们身旁，并没有发现爱丽丝，以及拯救了“人界”的两位英雄的身影。 《刀剑神域》系列最长、拥有最华丽战斗的“Alicization”篇，其最终章终于揭幕！
