「 悲劇、2周目。｣ 人間の死肉を喰らう怪人“喰種”が潜む街――東京。 大学生のカネキは、ある事故がきっかけで“喰種”の内臓を移植され、半“喰種”となる。 人を喰らわば生きていけない、だが喰べたくはない。 人間と“喰種”の狭間で、もがき苦しむカネキ。 どちらの世界にも「居場所」が無い、 そんな彼を受け入れたのは“喰種”芳村が経営する喫茶店「あんていく」だった。 そしてカネキは自らが“喰種”と人間、 ふたつの世界に「居場所」を持てる唯一人の存在であると知る。 互いが歪めた世界を正すため、 カネキは“喰種”と人間の想いが交錯する迷宮へと立ち入るが…。 ――僕は“喰種”だ―― 全てを守れる「強さ」を欲したカネキが取った究極の選択は、 自らの人間的な部分を葬り“喰種”として生きることだった。 走り出してしまった決意。暴走する優しさ。 「強さ」の果てに、カネキが見たものとは…？ 原作者・石田スイが紡ぎ出す、もうひとつの「東京喰種」が幕を開ける。
面对即将展开的崭新的高中生活，个性活泼开朗的元气少女保登心爱（佐仓绫音 配音）心中充满了憧憬与喜悦，新的城市，新的环境，会有怎样有趣的故事在这里发生呢？ 一路寻找寄宿家庭的心爱不小心迷了路，误打误撞之中，她来到了一间名为“Rabbit House”的可爱咖啡馆之中，在这里，心爱结识了名叫香风智乃（水濑祈 配音）的神秘少女，这位面无表情态度相当冷淡的少女之后将成为心爱生命中十分重要的存在。原来，这间咖啡馆正是心爱正在寻找的寄宿地，在这里，她将以半工半读的形式度过她的高中三年，在此过程中，心爱渐渐发现了智乃不为人知的一面，亦开始了解这间咖啡屋的前世今生。
本故事以被武力和恐怖支配的本能字学院为舞台，以为父报仇的转校生少女为中心， 围绕着在学园中“执牛耳者”的学生及学生会四大天王间的激战故事展开。 缠流子和鬼龙院皋月，两人为本作的主人公。在本作中，皋月用极制服的力量支配着学园， 而流子为查明父亲死亡的真相而与皋月对抗。 在这由力量支配的学园中，由于手持片太刀铗的转校生的到来，引起了动乱， 这一场各个能力者均被打倒的故事因此而开始！
