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十数年前，巨大的魔兽・九尾被戴着面具的神秘男忍者解放了。九尾袭击了木叶忍者村，为了守护面临毁灭的村庄，第四代火影牺牲了自己的性命，并把九尾封印在刚出生的儿子漩涡鸣人身上。
时光流逝，恐怖的忍者集团・晓的成员突然袭击了木叶忍者村。鸣人等人在任务中击退了晓的成员而受到村里的人赞许，也获得了可以提交上忍申请书的机会。鸣人看到其他人都有父母可以帮忙写申请书而感到落寞和焦躁，就在此时，斑突然出现在他眼前，并用无限月读的实验性忍术把他送往了另一个世界。在那个犹如镜中世界般的地方，鸣人实现了这十六年来从来没有与家人一同生活的梦想，他明知道要尽早离开这个诡异的地方，却放不下他好不容易才拥有的亲情。
而另一方面，斑正等待着机会准备重现十六年前那场惊天动地、夺走鸣人父母性命的捕获九尾之战。那段感伤又痛苦的回忆即将在大银幕重现，而出现在月读幻术世界中的谜样人物——假面之男的真实身份也即将曝光……。

“你能，和我组一辈子乐队吗？” 　　高一的春末。羽丘女子学园里的学生基本上都组好了乐队， 　　推迟入学的爱音也在为了能尽快融入班级而急忙寻找乐队成员。 　　在这时候，知道「羽丘的小怪人」灯还没组乐队之后， 　　爱音不由自主地向她搭话…… 　　遍体鳞伤且蓬头垢面的，我们的“音乐（呐喊）”。 　　不畏迷茫，纵使迷茫亦要前行。

　　故事发生在一个存在着魔力的世界之中，在这里，魔力只出现在年幼的少女们身上，随着年岁渐长，这种魔力会慢慢减弱直至消失不见。随着时代的发展和科技的进步，少女们身上这种神秘的力量获得了越来越多的重视和使用，而这些天真而又单纯的少女们，开始活跃在各行各业的前沿位置。某日，一种充满了攻击性的异形生物忽然出现，人们称之为“内伍罗伊”，当内伍罗伊的侵略有着越来越强劲之势头时，魔女们挺身而出。                                    
                               　　开朗乐观的宫藤芳佳（福圆美里 配音）、实力强大雷厉风行的坂本美绪（千叶纱子 配音）、大大咧咧丢三落四的莉涅特（名冢佳织 配音）、自信满满高傲可爱的佩瑞妮（泽城美雪 配音），为了保护赖以生存的家园，她们随时做好了付出生命的准备。

「陰の実力者」に憧れた少年は、道半ばで命を失い、シド・カゲノーとして異世界に転生した。新たな世界で「陰の実力者」設定を楽しむことにしたシドは、陰に潜み、陰を狩る者──シャドウを演じ、付き合いのいい配下の少女たちと闇の教団に対抗する「シャドウガーデン」を組織する。すべては妄想の産物……そのはずだった。ところが世界の闇たる「ディアボロス教団」は実在し、シドの知らぬところで「シャドウガーデン」は教団との抗争を繰り広げていた。次なる舞台は「血の女王」「妖狐」「暴君」の三勢力が統治する無法都市。そこは、ならず者がはびこる弱肉強食の世界だった。吸血鬼たちの支配者「血の女王」の討伐のため、姉のクレアに連行されてきたシドは、またとない「陰の実力者」ムーブの機会に心を躍らせるのだが……。「血の女王」を巡る陰謀が動き出し、無法都市は三つの勢力が入り乱れる。さらに姉のクレアも騒乱に巻き込まれ、シャドウガーデンも独自に行動。混沌を極める中、シドは人知れずシャドウとして暗躍しようとする。赤き月は昇り、覚醒の刻は来た──！