末法历2020年，因为魔法元素枯竭而走到了文明尽头的斯特恩大陆，在虚空风暴下迎来了大陆的毁灭。 大陆最后的法神叶玄，意外苏醒在了三千年前魔法文明鼎盛的时代，成为了大陆西北奥兰多王国边境西斯魔法学院的一名普通学生。 为了拯救大陆，让末日不再来临，叶玄开始探寻三千年前导致大陆魔法元素枯竭的黑暗动乱之谜，阻止大陆危机。 精灵族、巨龙、比蒙、兽族……一个个鲜活的种族，蓬勃的生机，辉煌的大陆，让叶玄愈发的清楚自己的使命。 万界法神，这个美好的世界，这一世将由我叶玄来拯救！
青城山灭派，玄门遭遇旷世劫难。朱离地煞觉醒，携青城掌教冷霜凝险夺玄珠，再顾青玉坛，蒙星象子指点，欲共赴昆仑抵御魔道大军。天一子未赴中秋之约，太白子知道天一子已遇不测，开始查探凶手，本以为是魔道的阴谋，没想到在昆仑派发现了一些端倪。魔道势力风谲云诡，其间隐情扑朔迷离，深不可测的魔道高人邓辰因为太初九元的转世，重出天阴谷，纠集紫衣人等魔道长老集齐三才秘要，欲救出魔道祖师天魔元煞，登顶昆仑之时，幕后黑手阴谋乍现，玄魔两派均遭扫荡。玄魔两派，孰正孰邪，灵飞纪第三季为您揭开面纱。
以霍雨浩为首的唐门代表团，在明都参加的全大陆高级魂师大赛到了尾声。日月帝国太子徐天然为了一统大陆的野心，事先在各国参赛队伍的归途中设下埋伏。霍雨浩等人潜入日月帝国的地下仓库，使徐天然多年的筹备付之一炬。随后，霍雨浩一众在躲避日月帝国的追捕时不慎进入乾坤问情谷，开始面临真情考验。
天宝十二年，天魔复生之期将至，妖王獬狱意图利用天魔统领妖族，颠覆人间，使人间成为妖族之地。人间驱魔司召集青年才俊重返长安，为四年之后的天魔现世做准备。在边境，驱魔司众人再度相聚，后续发现战死尸鬼的暴动。这一切的背后似乎都和传说中的白鹿有关，白鹿究竟在何处呢？
