1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
阿波连玲奈是一个身材娇小，安静的女孩子，有点不太擅长把握与他人之间的距离。这让坐在隔壁座位的来堂同学，总觉得到有种距离感。 有一天，来堂同学捡起了阿波连同学掉在地上的橡皮，以此为契机两人之间的距离开始急速接近！！“时而太远”“时而太近”，阿波连同学难以预测。 迎来新学期后，这次连与转校生的距离也把握不好了！？ 在各种意义上“测不准”的紧贴系？青春爱情喜剧的大幕再次拉开！
在不远的未来，海平面原因不明地急速上升，导致了地表多数都沉入海中。 小时候因为事故而失去一条腿的少年斑鸠夏生，厌倦了都市的生活，移居到了海边的乡村小镇。 曾经身为海洋地质学家的祖母留给他的，就只有船、潜艇还有债务。 夏生为了取回“失去的未来”，潜海前往据说沉睡着祖母遗产的海底仓库。 在那里，他遇到了一位沉睡在如同棺材一般装置中不可思议的少女“亚托莉”。 她是一位构造精密到与人类别无二致，而又感情丰富的机器人。 从海底被打捞起来的亚托莉如是说道。 “我想完成主人留给我的最后的命令。在此之前，我会成为夏生先生的腿！” 在一个逐渐沉入海中的平静小镇，少年和机器人少女的难忘夏日就这么开始了。
