池袋西口公园

「在逐渐沉没的世界，我找到了你。」                                                                      　　在近未来，不明原因的海平面上升导致大面积地表被海水淹没。                                                                      　　幼时因意外事故失去了一条腿的少年斑鸠夏生厌倦了城市生活，迁居到了海边的乡村小镇。                                                                      　　他无亲无故，留给他的只有曾属于海洋地质学家的祖母的船和潜水艇，以及债款。                                                                      　　夏生为了取回自己“失去的未来”，潜入大海寻找据说沉睡着祖母遗产的海底仓库。                                                                      　　他在那里找到的，是沉睡在棺材状装置中的神秘少女——亚托莉。                                                                      　　她是几乎与人类无异的，精巧且感情丰富的机器人。                                                                      　　从海底被打捞上来的亚托莉说道。                                                                      　　「我想完成主人留下的最后一道命令。在那之前，我来做夏生的脚！」                                                                      　　在逐渐沉入海中的安宁小镇，少年与机器人少女难以忘怀的夏天开始了——

　　为了应对吉亚迪所开发出的完全独立无人战斗兵器“军团”的入侵，其邻国圣格诺利亚共和国开发了无人战斗兵器毁灭之力。但是，无人战斗机只是空有名号，实际是没有被认可为”人“的人们——86——驾驶，被当作道具来使用。
　　由”86“所组成的部队“先锋战队”的队长少年・辛艾，在只能等待着死亡的令人绝望的战场上为了某个目的而战斗着。在那里，共和国军队的精英・蕾娜就任了新任指挥管制官。她小时候有着被86所救助过的经历，因此想把被作为“人形猪”而遭到轻视的他们作为正常人类来对待。
　　只不过是为了战斗而被作为道具使用的少年以及被寄予了未来期望的精英才女，本不应当有所交集的两人，在激烈的战斗中看到了未来——

数千年后的未来，进入宇宙空间的人类，被分为银河帝国与自由行星同盟这两个拥有“专制政治”与“民主主义”两种不同政治体制的国家。两国之间的抗争持续了150年，以无边无际的广袤银河为舞台，重复着无止境的战斗。银河帝国的门阀贵族社会的腐败，以及在自由行星同盟中被称为“民主主义的弊端”的群愚政治正侵蚀着两个国家。之后，宇宙历8世纪末，两位天才的登场驱动了历史。“常胜的天才”莱因哈特·冯·罗严克拉姆，以及人称“不败的魔术师”的杨威利。两人率领着帝国军与同盟军，展开了不知道是第几次的冲突。