不管我怎么去想我不受欢迎这件事都是你们的错！

为了整理外婆的遗物，主人公鹰原羽依里在暑假独自来到了鸟白岛。                                    
                               　　走下一天只有几趟的渡轮，他遇见了一位少女。她任凭海风吹拂着发丝，只是眺望着……那水天相接的边境。回过神来，那位少女不知已经去往何方。羽依里似乎有些怅然若失，但他还是向外婆家走去。                                    
                               　　有一位羽依里的小姨住在外婆家，她已经开始在那里整理遗物了。羽依里帮忙整理着充满着外婆回忆的遗物时，也逐渐适应了初来乍到时让他无所适从的“岛上的生活”。                                    
                               　　在都市生活中无法体会到的，与大自然的邂逅。这样的岛上生活，能让他想起曾经遗忘的，值得怀念的点点滴滴。                                    
                               　　与眺望着大海的少女相遇。                                    
                               　　与迫寻奇幻蝴蝶的少女相遇。                                    
                               　　与寻找回亿和海盗船的少女相遇。                                    
                               　　与住在宁静灯塔的少女相遇。                                    
                               　　在岛上结识了新伙伴——曾经想着，如果这个暑假永远不会结束就好了。

皿屋敷中学的不良少年浦饭幽助终日无所事事，或与青梅竹马雪村萤子吵架拌嘴，或拿死对头桑原和真出气。某日，逃课玩耍的幽助从车轮下救起一位小姑娘，自己则被汽车撞死。他的举动出乎灵界的预料，因此得到一个复活的机会。经过一次次的考验，幽助最终在萤子和桑原的帮助下重返人间。                                                                      　　在此之后，他成为一名灵界侦探，专门负责各种奇异的犯罪事件。在一次任务中，幽助又结识了化名南野秀一的妖狐藏马和盗贼飞影。所谓不打不相识，幽助、桑原、藏马、飞影成为共同进退的搭档。他们一同参加了云集强大妖怪的暗黑武术大会，与恐怖的户愚吕兄弟一决胜负。以此为肇始，此后他们与魔界的纠葛越来越深，战斗愈加激烈……

　　宁静祥和的见泷原市，全靠魔法少女鹿目圆（悠木碧 配音）、美树沙耶香（喜多村英梨 配音）、巴麻美（水桥香织 配音）以及佐仓杏子（野中蓝 配音）守护，一次次击败了人类灵魂深处产生的“梦魇”，全力包围着她们最为珍惜的城市、家人和朋友。这一天，美丽女孩晓美焰（斋藤千和 配音）作为转校生来到小圆的班级，小圆她们意外发现，晓美竟然也是魔法少女中的一员。在此之后，五位魔法少女同心携手，解决了梦魇接二连三带来的危机。她们的友情笃深，相处分外融洽，但是晓美却对周遭无时不在的违和感隐隐感到不安。某天，她要求杏子和她去风见野一探究竟，然而两人大费周章，竟然怎么也无法走出见泷原。
　　晓美终于意识到，她和朋友们似乎被某人封在了魔女的结界中。无休止的轮回以及爱欲滋生的幻象，让少女们陷入无休止的混乱深渊……

　　在“超高校级的绝望”带来的“人类史上最大最恶的绝望事件”之下，世界陷入了濒临崩坏的绝境。为了拯救这个充满绝望的世界，“未来机关”由原希望峰学园的校长与师生们集结而成了。其中就包括了曾经打倒了江之岛盾子的苗木诚等78期生。他们在此继续复兴世界的活动，但苗木却被以 庇护“绝望的残党”这一罪名遭到了众人的怀疑。未来机关众人为了苗木的处分而聚集在一起时，却遭到黑白熊的监禁，并被要求进行“最后的自相残杀”。他们的手臂被戴上了奇妙的手环，过了一定时间就会被投以安眠药。不止如此，这其中还存在着“背叛者”，是为了杀掉未来机关而来的人。“为了生存下去，非得找出背叛者并杀掉不可”。不存在“学级裁判”这一规则的自相残杀。杀或者被杀，在这极限状态的死亡游戏中，苗木诚等人被逼入绝境。希望杀死希望的绝望物语开始了。
　　【主要出场人物】苗木诚（未来机关第十四支部所属）、雾切响子（未来机关第十四支部支部长）、朝日奈葵（未来机关第十三支部所属）、雪染千纱（未来机关第五支部支部长）、宗方京助（未来机关副会长·第二支部支部长）、天愿和夫（未来机关会长·第一支部支部长）。