美乐蒂在玛莉田园开了一间蛋糕店，但自从她在森林里碰见一颗心脏后，周遭就开始接连发生怪事。与此同时，酷洛米开在对面的和菓子店总是生意惨淡，于是她决心弄清楚美乐蒂的蛋糕有什么秘密。美乐蒂和库洛米为了甜点大赛努力准备，要在国际级甜点名厨皮斯塔齐奥面前拿出好表现。不过，没人料得到这场比赛竟会牵扯出攸关玛莉田园命运的大事件。
主角有马拓也为一个无所事事的高中生，他父亲是历史学家，却在研究时失踪，留下他与继母两人相依为命。暑假时主角收到父亲寄来的包裹，里面有一个罗盘和三颗水晶珠，以及一封写着「时间是可逆的，历史是不可逆的」云云以及一些关于平行世界概念的信，并交待主角晚上去当地有名的地标剑之岬去见一个人。 拓也晚上如约来到剑之岬，发现自己的继母亚由美和父亲研究夥伴龙藏寺幸三都在场。原本和蔼的龙藏寺突然翻脸要有马把收到的邮包交出来，并拔出枪来威胁他，千钧一发之际，一道闪电落下劈在了神社的御神石上，拓也就此晕去。等拓也甦醒过来周围已经旁无一人，回家睡了一觉后才发现不对劲。继母和龙藏寺完全不记得昨晚发生的事情，此时他才发现原来父亲寄给他的遗物是可以让人在平行世界自由穿梭的神奇道具，于是他为了找到父亲真正的下落展开了一系列调查。
阳光明媚的一天，碧海蓝天，海鸥飞翔，在一座植被茂密的小岛上，漩涡鸣人、佐助、小樱以及井野、志乃登一众下忍没有任何修炼任务，而是悠哉游哉地坐在海边举行烧烤聚会，只不过这群性格别扭的家伙却分坐在不同地方，各自为政。超级贪吃的漩涡鸣人意外在沙滩下发现一支普普通通、破破烂烂的瓶子，他随手打开瓶盖，却从里面喷出一股浓郁的烟雾。烟雾散去，一个身形巨大的怪大叔出现，他就是传说中的壶中魔神，可以满足人们三个愿望。 鸣人他们起初并不相信魔伸的说法，但在见识了对方的法力之后，却不由得佩服起来。可惜他们有意无意浪费了两个愿望，而今只剩下最后一个，各怀私心的下忍们在岛上展开了一场激烈的争夺战……
在人与动物和谐共处的街道“动物镇（アニマルタウン）”，最喜欢动物的彩羽（いろは）和她的宠物狗小麦（こむぎ）是要好的朋友！ 某天，谜之生物焦躁怪（ガルガル）在街上大暴走！但是，小麦为了保护彩羽变成了人的模样，变身成了Precure...！？ 必须要帮助内心焦躁的孩子！齐心协力将动物们送回微笑花园（ニコガーデン）吧！ 没关系，让我听听你的声音吧！
