为了夺取主人公等所在的宫国所持有的珍贵引擎，邻国开始了日益激烈的侵略。为了迎击敌国，宫国被迫将仪式用复座式飞行艇“Simoun”改造成了战斗用战舰。还需要未性别化的“巫女”被派遣担任驾驶员，于是，她们成为了被称为“coru”的战斗小队成员。 操纵“Simoun”的少数少女被称为了“Simoun·シヴュラ（西贝拉）”因为拥有着特殊能力，她们可以选择自己成为大人的时间。但是因为战争的爆发，她们的优秀才能不得不运用在“Simoun”的操作上，换句话说，她们被强迫保持在了“少女阶段”……
故事开始于四月一日君寻和壹原侑子的命运相遇。自从遇到侑子后，四月一日遇到了形形色色的人和物，发生了许许多多的好事坏事，他自己也发生了很大的改变。然而店主人侑子留下了最后的愿望之后，却消失了。于是四月一日守在店里，等待有一天与她重逢。 这十年来，四月一日每日守着店，昔日的高中生业已成熟。这天，已经成为大学助教的百目鬼静来到店里，跟四月一日说起一件怪事。因为他是民俗学方面的专家，于是被一户大家族委托鉴定父辈遗留下来的古物。他发现了荼吉尼天手札，同时也发现这户人家十分不同寻常。四月一日通过录像接受了委托，于是派出管狐，让它和百目鬼一起到那户人家里完成任务……
以不列颠的统治为目标，为了确定王而准备的选定之剑。拔出此剑之人将被称作“亚瑟”，并获得强大的力量。 但，拔出Excalibur的不止一人。随着力量的大量产生，传说发生泛滥，并引发历史的歪曲。
