《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
整个宇宙分为域内宇宙和域外宇宙，两个宇宙彼此为敌，域外宇宙由天魔统治，域内宇宙分为神界，仙界，凡间。 在宇宙中，像天罚大陆这样的凡间位面，数不胜数，其统称为：九天星域。九天星域中，九大仙帝统领九重之中所有星域。九天之上，乃炼仙神域，仙人最终化神之路，必要通过炼仙神域，方能凝聚神格，成为神，到达神界。神界万族林立，各族之神极为强大。在遥远的过去，神界万族，被始源至尊、混沌至尊，还有鸿蒙至尊统领。三大至尊，三足鼎立，统管神界、九天仙界。 鸿蒙神界之主鸿蒙至尊，身份尊贵，属下众多，为神界最强之人，精通天下万术。彼
玩家东东因意外穿越进游戏《天青》成为最弱小野怪﹣﹣骷髅，不明情况的东东凭借自己多年的游戏经验，初期收获了一群野怪小弟。 在与女主泡泡相遇后，与之签订契约成为最强宠物，带领着泡泡与后续结识的好友们共同在《天青》中开始搞笑、精彩的冒险。 同时，东东发现游戏中 NPC 、野怪逐渐觉醒且对人类世界产生向往这一现象。为弄清真相，以及回归正常生活。东东所领导的主角团、觉醒 NPC 、普通游戏玩家、游戏运营 公司等多方势力围绕着两个世界的联系开始角力。
当今朝廷大肆招揽穿越者，根据他们的才能予以各种职位，改变当下落后的文明，试图创造新世界。身为旁门少主的左云起，为拯救父亲，伪装成穿越者混入朝廷。却被专业鉴别穿越者人士楼主识穿，两人斗智斗勇，闹出百般笑料，最终达成了合作共识。就在两人共同阻止了一场惊天阴谋的同时，发现穿越者偷偷建立了联盟，试图推翻当权者，建立和平共处新社会，左云起一行人被迫参与其中，卷入这场争夺之战。
无极之渊大战后，破阵、浮丘等人被石化封印。山鬼谣独担重任，力挽狂澜。同时穹奇希望重铸神坠来解开封印，而破阵则希望重铸神坠以加强封印，辛垣、夜阳怀着不可告人的意图夺取记忆珠欲控制破阵等人。
一场突如其来的大火，在深夜降临在城市边缘的山林里。火势肆虐，山林化为火海；消防官兵紧急出击，奋战第一线。然而山路崎岖，大火封道，物资难以及时送达；前有大火，后无补给，山林危急，城市危急，人民危急。山林大火牵动人心，一群机车娃子，穿过重重险阻，将物资送往前线，一道道希望的曙光被点亮。越来越多的人加入进来。
