《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
在一次凤凰城赛车大奖赛期间，消失二十年的东方巨兽武罗再度现身，给城市带来了巨大的灾难和恐慌。武罗在袭击中受伤，躲进山洞休养。年轻赛车天才张小蚤，因过于自信，带领四人小队冒险偷袭受伤的武罗，反而引发了更严重的危机。面对打击，张小蚤在武器专家赖道张的帮助与激励下，不仅提升了战斗力，也找回了失去的自信。在武罗即将摧毁凤凰城的生死时刻，张小蚤挺身而出，力挽狂澜，成功拯救了全城，最终成为新一代的城市英雄。
周元为提升实力，决定和夭夭、吞吞前往圣迹之地夺取大机缘。路上偶遇万兽王朝的小郡主绿萝、剑王朝的剑瞎子李纯钧、左丘家族的妖女左丘青鱼等天骄，结为好友。
同时，周元的“一生之敌”、“蟒雀吞龙”的“蟒”、大武太子武煌，也来到圣迹之地。双龙相会，风云变色。
圣迹之地的造化之争开启，周元与小伙伴们一起挫败了东玄大陆的阴谋，并在随后一对一的战斗中，怒战仇敌武煌，夺回原本属于自己的圣龙气运。周元还遇到了苍玄老祖的残影，得知了过往渊源。
周元赢得造化之争，并选择加入苍玄宗。与一众好友告别后，周元和夭夭、吞吞一起踏上前往苍玄宗的征途。
本美术片改编自鸦片战争之后、义和团运动之前流传于渔民间的故事。 帝国主义占领了中国的港口，不准渔民出海打鱼，然而渔民仍要交渔税。老渔夫迫于生计，在一个风高浪急的雨夜，冒险越过封锁线出海捕鱼，可是忙活大半夜，只网到一个画有渔童的汉白玉鱼盆，他没想到的是，该鱼盆竟然是个宝物，夜里他熟睡时，渔童从盆里跃出来开始垂钓，为他“钓出”许多又大又亮的珍珠。第二日，老渔夫拿珍珠去市集上售卖，向众人讲述了这件神奇的事，洋教士听到并偷偷地见识了这件宝物后，妄想将其霸占。
在海底大都市世界，有一颗能够吸收海洋污染的“海洋之星”。在一次羊狼争夺的过程中，“海洋之星”分裂成诸多碎片，散落在海里。为了收集更多碎片，掌握“海洋之星”控制权，小羊们和灰太狼斗智斗勇，在海底上演一场又一场的收集碎片竞赛。
