萧炎得知异火线索后毅然深入塔戈尔沙漠，最终成功取得异火并与蛇人族女王美杜莎结下奇缘。随后萧炎勇赴三年之约，登上云岚宗击败纳兰嫣然一血前耻！不料异况突生，萧炎被人陷害被迫与云岚宗为敌，因此惨遭通缉不得不远赴迦南学院避难。萧炎在学院内与薰儿久别重逢，两人合力通过选拔进入内院，开始了全新的学习生活……
双甲战陀竞技进入了超环觉醒的新时代，星野和他的伙伴们也将迎来全新的挑战。星野在学院联赛中优异的表现使他收到了来自超环学院的邀请，在新的环境中结交了小川、泰格等好友，澜和皇甫耀这两位老友也相继加入了学院并开展了一场全新竞技比赛，就星野等人经过激烈角逐进入决赛之际，反派洛威突然出现并向学院下战书，以学院归属为赌注，实际另有目的。可惜最后众人落败，为有朝一日夺回学院，星野一行人决定暂时离开学院开始全新的修炼之路。
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
辰南一行人离开东褚国，拜师入学神岚学院，协同梦可儿等人共同探寻邪道破灭道的真相，同时辰南自身的身世秘密逐渐浮出水面。
