《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
现世与异界间因能量不稳定而产生的时空之隙，是身处异界的怪物们通往现世的唯一通道，为了阻挡怪物入侵，现世里，一群拥有特殊体质的天命之人，勇敢地站在时空之隙中为了守护世界而战。
为了抓住小羊们，灰太狼真是无所不用其极。这次他发明了美食基因枪，轻而易举就突破了羊村的坚固防线，并且取得了压倒性的胜利。谁知接下来的混乱追杀，让整个青青草原变成了糖果草原，更糟糕的是红太狼在意外后似乎撞坏了脑袋。她把懒羊羊当成自己的儿子，而视灰太狼为仇敌，甚至认不出亲生的小灰灰。喜羊羊他们起初以为这是红太狼的诡计，不过最终发现红太狼真的“化敌为友”了。懒羊羊凭空多出了狼妈妈，有趣同时又感人的故事接连上演。小灰灰又能否重新找回那个温柔又有些严厉的妈妈呢？ 与此同时，青青草原即将迎来可怕的灾难……
