神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
故事发生在唐朝末年，时局动荡，无论朝中还是民间都人心惶惶。隶属于官府的神秘组织“不良人”全体失去了踪迹，同样下落不明的，还是价值连城的国库宝藏。传说中，一切的秘密都隐藏在龙泉剑上，得到了龙泉剑的人，便拥有了掌控天下的能力。 李星云自幼失去了父母沦为孤儿，被善良的隐士阳叔子收养，跟随着他练武学艺，一晃眼多年过去，李星云成长为了意气风发的少年，他和同门师妹陆林轩一起下山精进武艺，就此结识了姬如雪和张子凡。机缘巧合之下，李星云竟然得到了龙泉剑，这个消息不胫而走，引起了各大门派的警觉。他们派出杀手追踪李星云一行人，企图抢夺龙泉剑。
小咖与神奇的咖宝团队一直守护着大自然与城市安全，拯救各种危机。新一季中，他们将迎来更多挑战，捣蛋家族胡乱使用科技装备，制造如失重漂浮、狂风暴雪、沙尘危害、流星坠落等破坏事件。作为城市小卫士，小咖带领咖宝们勇敢出击，消除险况。
在北京这个现代感与传统文化相互呼应、充满着机遇与压力的城市，落座在CBD脚下一条安静的胡同里的小馆儿，就是那个让多种元素碰撞在一起酝酿发酵的汇集地。它没有醒目的招牌和豪华的装修，使人路过的时候容易忽略它。但熟悉的客人都知道，在这个温暖的小小空间里可以卸下一天的疲惫，享受一段舒适的时光。于是便有许多尘封在每个人心中的故事悄悄流淌出来。
秦羽飞升进入仙魔妖界，因机缘遇见了柳寒舒，在他身上看到了之前的自己，决定收他为徒教他保护自己的方法，但因为宝物星图与柳家和玉剑宗结下梁子，最终以柳寒舒的死亡拉开序幕，秦羽走上与强大对手的对抗之路，努力刻苦修炼，让自己变得更加强大，坚持自己中心的正义之道，也想守护自己在乎的人。三兄弟飞升别离，为寻好兄弟，秦羽踏上了漫漫长路，究竟小黑与侯费在何处，他们能否再次重逢。
