神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
在一次凤凰城赛车大奖赛期间，消失二十年的东方巨兽武罗再度现身，给城市带来了巨大的灾难和恐慌。武罗在袭击中受伤，躲进山洞休养。年轻赛车天才张小蚤，因过于自信，带领四人小队冒险偷袭受伤的武罗，反而引发了更严重的危机。面对打击，张小蚤在武器专家赖道张的帮助与激励下，不仅提升了战斗力，也找回了失去的自信。在武罗即将摧毁凤凰城的生死时刻，张小蚤挺身而出，力挽狂澜，成功拯救了全城，最终成为新一代的城市英雄。
《侠岚·决敌篇》讲述的是击败了三魂之汰后，山鬼谣挫败夜阳企图控制玖宫岭的阴谋。为了重新封印穹奇，破阵统领带领众人开始重铸被毁坏的神坠。另一方面，余下的三魂相继复活，一场围绕新铸成的神坠的神坠的争夺战就此展开。在众人的努力下，三魂全部被消灭，带着新铸成的神坠，众侠岚再次前往无极之渊。最终破阵统领牺牲了自己，成功击败穹奇，辗迟终于如愿以偿，救回了被穹奇附体的姐姐。
本片延续上一部的内容，讲述彩虹小镇阳光幼儿园迎来新的学期，校巴歌德继续负责接送小朋友上下学的工作，逗逗迪迪和他们的朋友虽然有所成长，但新的问题也层出不穷，情绪管理上还需要歌德、老师和家长的引导和帮助，进而学习更多管理情绪的方法。 本片旨在探讨和挖掘三至六岁的儿童在情感发展和完善上的处理方式和解决方法，因为随着交互增多和面对的人物个体多元化，小朋友很容易产生各种情绪波动。因此，需要更好的引导，让他们找到合适的方法转化负面情绪、培养正面情绪，从而成为积极面对生活、待人和睦友好的人。
在牛爷爷的影响下，以图图和刷子为首的“霸王龙小分队”懂了让别人高兴的恶作剧才是有意思的恶作剧，要玩就玩“正义的恶作剧”。牛爷爷带领“霸王龙小分队”来到老年之家，为孤老们带来欢乐。
第二季故事舞台将以暗流涌动、风雨欲来的地界为背景延伸至更广阔，大人物小人物的恩怨情仇、各势力间复杂的利益斗争、灵界入侵的阴谋始末和主角一行人在乱世洪流中的使命抗争。
