神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
讲述少年音乐家西云虎、东星敖龙、南宫燕、玄武十三等四人成长为小英雄的故事。西云虎性格理性冷静，东星敖龙淘气活泼，玄武十三沉默寡言，南宫燕天真活泼、敢作敢为。他们在天云星际大展神威，凭着机智善良、仁爱忠诚、正义勇敢,与黑霸天代表的邪恶势力斗智斗勇，并用音乐和歌声感化他们。最终，四人成为造福人类、团结社会的小英雄。
科研潜艇“逗号”，是科幻小说《地心游记》的铁杆粉丝。为研究海底神秘物质, 跟着叔叔地质学家 “铁石号”深潜马里亚纳海沟，意外被卷入洞穴迷宫来到巨大未知世界并发现远古生物，开启了超乎想象的海底地心探险。
罗峰为了能够守护地球前往血洛大陆进行试炼，在这片大陆上他不断突破自我，结识了友善的朋友也遇到了强大的敌人，但是他都没有退缩，而是一步一个脚印的负重前行。最终他完成了无限的进阶，获得了保护地球的强大能力。
