神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
一代武帝被害而陨落，万年之后重生在一位名为秦风的少年身上。觉醒无上神魂，修炼无上武道，从此风起云涌与无数天骄争锋，诸天万界都将因为他的回归而颤抖！
伍六七接到神秘任务过程中却意外丧失记忆，为了唤醒记忆，伍六七去到过往记忆发生的地方见到记忆相关的人，其身世之谜也随之逐渐浮出水面。
桃夭带着小和尚磨牙、第一季收服的小狐妖、桃都老邻居柳公子一起，为了寻找失踪的百妖谱而云游四方。在途中遇到应声、化蛇、媪姬、照海四个妖怪，为妖怪治疗各种疑难杂症。
一不小心穿成灵狐皇族？看本狐如何修炼美男两手抓！
性格机灵的初中生英男偶然得到一枚星环，并从中得到神奇的力量，借星环之威表现出超人的能量。发现星环神奇能力的英男和同学们一起开始探索星环的奥秘。英男等人在探索过程中发现星环不仅使自己变得强大，更能发挥出不同的特殊技能，同时他们还发现了奥加要毁灭地球的计划，英男决定接受命运的挑战，担负起保护地球的重任，成为真正的守护者。
